• Trwają zapisy na kurs   NGS w badaniach regulacji genów

    Więcej
  • ideas4biology.com               Analiza danych biologicznych

    Więcej
  • ideas4biology.com                Kursy bioinformatyczne

    Więcej
  • ideas4biology.com                Biologiczne bazy danych

    Więcej


dr Michał Szcześniak

Kontakt: szczesniak@ideas4biology.com

Michał Szcześniak

Zainteresowania

Moje zainteresowania koncentrują się wokół genomiki funkcjonalnej. W ramach projektu doktorskiego zajmowałem się małymi regulatorowymi RNA u zwierząt i roślin - ich odkrywaniem (miRNEST), rozwijaniem metod ich identyfikacji (HuntMi) oraz gromadzeniem danych na ich temat w bazach danych (miRNEST, ERISdb). Obecnie zajmuję się badaniem funkcji długich niekodujących RNA (lncRNA), a zwłaszcza ich udziałem w regulacji splicingu, edytowaniu RNA czy kontroli stabilności RNA. Ponadto zajmuję się analizą miejsc splicingowych i alternatywnego splicingu, w tym intronów typu U12 oraz splicingu w genach mikroRNA. W swoich analizach chętnie korzystam z takich technik jak nauczanie maszyniwe czy sekwencjonowanie nowej generacji (NGS).


Edukacja

2007 - 2010 – studia magisterskie na kierunku Biotechnologia oraz na kierunku Bioinformatyka, Wydział Biologii, Uniwersytet im. A. Mickiewicza, Poznań
2009 - 2013 – studia doktoranckie, Pracownia Bioinformatyki, Wydział Biologii, Uniwersytet im. A. Mickiewicza, Poznań

Doświadczenie zawodowe

2014 – Staż w National Center for Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, USA
od 2013 – Adiunkt w Instytucie Biologii Molekularnej i Biotechnologii, Wydział Biologii UAM w Poznaniu
od 2013 – Działalność w firmie bioinformatycznej Ideas for Biology
2012 – Staż w Laboratory of Functional Genomics, Department of Medical Genome Sciences, University of Tokyo, Tokio
2011 – Szkolenie Beyond Next Generation Sequencing, Budapeszt
2010 - 2013 - Członek komitetu organizacyjnego Poznańskiej Letniej Szkoły Bioinformatyki
2009 - 2013 - Zajęcia dydaktyczne w ramach studium doktoranckiego, UAM w Poznaniu
2008 – Praktyki w Katedrze Biochemii Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu, Poznań

Publikacje

  • Kaja E, Szcześniak MW, Jensen PJ, Axtell MJ, McNellis T, Makałowska I (2014) Identification of apple miRNAs and their potential role in fire blight resistance. Tree Genetics & Genomes 11:812
  • Szcześniak MW, Makałowska I. (2014) miRNEST 2.0: a database of plant and animal microRNAs. Nucleic Acids Res. 42:D74-7
  • Szcześniak M, Yoneda M, Sato H, Makałowska I, Kyuwa S, Sugano S, Suzuki Y, Makałowski W, Kai C. Characterization of the mitochondrial genome of Rousettus leschenaulti. Mitochondrial DNA. 2013 Jul 2.
  • Gudyś A, Szcześniak MW, Sikora M, Makalowska I. (2013) HuntMi: an efficient and taxon-specific approach in pre-miRNA identification. BMC Bioinformatics 14:83, doi:10.1186/1471-2105-14-83.
  • Szcześniak MW, Kabza M, Pokrzywa R, Gudyś A., Makałowska I. (2013) ERISdb: a Database of Plant Splice Sites and Splicing Signals. Plant Cell and Physiol. 54(2):e10, doi: 10.1093/pcp/pct001.
  • Szczesniak MW, Deorowicz S, Gapski J, Kaczynski L, Makalowska I. (2012) miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. Nucleic Acids Res. 40: D198-D204.
  • Bielewicz D, Dolata J, Zielezinski A, Alaba S, Szarzynska B, Szczesniak MW, Jarmolowski A, Szweykowska-Kulinska Z, Karlowski WM. (2012) mirEX: a platform for comparative exploration of plant pri-miRNA expression data. Nucleic Acids Res. 40:D191-D197.
  • Szcześniak MW, Ciomborowska J, Nowak W, Rogozin IB, Makałowska I. (2011) Primate and rodent specific intron gains and the origin of retrogenes with splice variants. Mol Biol Evol. 28(1):33-7.
  • Szcześniak MW, Owczarkowska E, Gapski J, Makałowska I. (2012) Bazy danych mikroRNA. Postepy Bioch. 58(1).
  • Szcześniak M, Szweykowska-Kulińska Z (2009) Regulacja alternatywnego splicingu. Postępy Biologii Komórki 36: 3–22.

Granty

  • Narodowe Centrum Nauki, nr rej. 2011/01/N/NZ2/01653, grant na finansowanie projektu badawczego realizowanego przez osobę fizyczną rozpoczynającą karierę naukową, nieposiadającego stopnia naukowego doktora. Tytuł: „Zastosowanie danych transkryptomicznych do identyfikacji nowych miRNA oraz przewidywania budowy genów miRNA”. Rola: kierownik.
  • Narodowe Centrum Nauki, 2013/11/B/NZ2/02598. Tytuł: "From junk to treasure" - funkcjonalna ewolucja retrogenów. Rola: główny wykonawca.
  • Grant w ramach XII edycji Konkursu na Projekty Badawcze finansowane przez Dziekana Wydziału. Projekt nosi tytuł „Zintegrowany system do identyfikacji i analizy mikroRNA u roślin i zwierząt” (PBWB-08/2011). Rola: kierownik.
  • Narodowe Centrum Nauki, nr rej. UMO-2011/01/B/ST6/06868. Tytuł: „Algorytm kompresji danych genomowych i ich implikacje dla genomiki porównawczej”. Rola: wykonawca.

Nagrody i wyróżnienia

  • Nagroda zespołowa III stopnia przyznana przez Rektora UAM w Poznaniu (2014 r.)
  • Nagroda Dziekana dla najlepszego absolwenta studiów doktoranckich na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (2013 r.).
  • Nagroda Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Genetycznego za najlepszą pracę oryginalną z zakresu genetyki, wykonaną w kraju i opublikowaną w 2012 roku. Nagrodzona praca to "mirEX: a platform for comparative exploration of plant pri-miRNA expression data".
  • Druga nagroda za prezentację ustną na konferencji 16th Annual Meeting of PhD Students in Evolutionary Biology, 23-28 maja 2010, Wierzba.