• Trwają zapisy na kurs   NGS w badaniach regulacji genów

    Więcej
  • ideas4biology.com               Analiza danych biologicznych

    Więcej
  • ideas4biology.com                Kursy bioinformatyczne

    Więcej
  • ideas4biology.com                Biologiczne bazy danych

    Więcej


Analizy bioinformatyczne i konsulting: szczegółowa oferta


Praca z danymi NGS

• Kontrola jakości danych
• Mapowanie krótkich odczytów
• Analizy RNA-Seq: szacowanie ekspresji genów i transkryptów, wykrywanie nowych izoform splicingowych, analiza ekspresji różnicowej
• Analizy ChIP-Seq i CLIP-Seq: wykrywanie miejsc wiązania białek i modyfikacji histonów, wyszukiwanie motywów w sekwencjach
• Resekwencjonowanie genomu: wykrywanie SNP-ów, indeli i wariantów strukturalnych
• Składanie de novo transkryptomów i genomów


Adnotacja genomów

• Automatyczne adnotowanie genomów prokariotycznych i eukariotycznych
• Trenowanie programów wykrywających geny ab initio u określonych organizmów / grup taksonomicznych
• Poprawianie adnotacji genomowych za pomocą danych RNA-Seq
• Wykrywanie niekodujących RNA (miRNA, siRNA, lincRNA) na podstawie danych RNA-Seq
• Wykrywanie de novo elementów powtarzalnych


Genomika ewolucyjna

• Analiza porównawcza genomów i ich adnotacji
• Tworzenie przyrównań całych genomów
• Wykrywanie homologii genów w oparciu o istniejące rozwiązania i nasze własne oprogramowanie
• Analizy filogenetyczne: tworzenie drzew filogenetycznych w oparciu o metody UPGMA, NJ, maximum likelihood i metody bayesowskie, testowanie hipotez ewolucyjnych za pomocą testu LRT


Rozwiązania informatyczne i programowanie

• Analiza danych biologicznych w języku Python (BioPython, HTSeq, PyCogent, ETE, bx-python, pybedtools, pygr, pysam) i Perl (BioPerl, BioGraphics)
• Obliczenia naukowe w Pythonie (Scipy, NumPy, Matplotlib)
• Język R: obliczenia statystyczne i analizy danych biologicznych z wykorzystaniem pakietu Bioconductor
• Eksploracja danych i uczenie maszynowe w języku R i programie Weka
• Tworzenie oprogramowania na życzenie w językach C, C++, Java, Scala, Python i Perl


Inne

• Projektowanie starterów
• Praca z wynikami Real-Time PCR
• Obróbka wyników sekwencjonowania metodą Sangera
• Korzystanie z biologicznych baz danych i narzędzi bioinformatycznych
• Tłumaczenie i korekta tekstów naukowych