• Trwają zapisy na kurs   NGS w badaniach regulacji genów

    Więcej
  • ideas4biology.com               Analiza danych biologicznych

    Więcej
  • ideas4biology.com                Kursy bioinformatyczne

    Więcej
  • ideas4biology.com                Biologiczne bazy danych

    Więcej


NGS w badaniach regulacji genów

Kurs odbędzie się w dniach 4-5 listopada 2017 r. na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (ul. Umultowska 89).



Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu

  1. Wykrywanie miejsc wiązania białek do genomu za pomocą technik ChIP–Seq oraz ChIP–exo
  2. Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych, tworzenie loga sekwencji (HOMER)
  3. Wizualizacja danych (IGV) i porównywanie wyników ChIP–Seq między próbkami
  4. Analiza stanu chromatyny: wykrywanie modyfikacji histonów (ChIP–Seq) oraz rejonów otwartej chromatyny (DNase–Seq, FAIRE–Seq), pozycjonowanie nukleosomów (MNase–Seq)
  5. Metylacja DNA: dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq oraz MeDIP–Seq
  6. Analiza RNA: nauczymy się analizować transkrypcję w komórce za pomocą technik GRO–Seq i TSS–Seq, analizować będziemy również oddziaływania RNA–białko (CLIP–Seq, RIP–Seq)
  7. Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA
  8. Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy m.in. programy: ShortStack i miRDeep2
  9. Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również z wykorzystaniem bibliotek degradomowych


Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Kurs przeznaczony dla wszystkich osób, które chcą poznać zastosowanie oraz sposoby analizy danych związanych z sekwencjonowaniem nowej generacji w kontekście badania regulacji genów. Niezależnie od tego, czy planują Państwo analizować dane samodzielnie, czy współpracować ze specjalistami w tej dziedzinie, na pewno warto wzbogacić swoją wiedzę o tego typu zagadnienia. Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.


Czy sobie poradzisz? Na pewno!
Kurs przygotowany jest tak, aby każdy, nawet najbardziej początkujący uczestnik, mógł sobie bez problemu poradzić z wykonaniem wszystkich zadań. Nie jest wymagana umiejętność programowania. Mile widziana jest znajomość formatów FASTQ oraz BAM/SAM.


Zachęcamy do rejestrowania się. Koszt uczestnictwa wynosi 850 zł.
Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.
Informacje organizacyjne można znaleźć na stronie FAQ.