• Trwają zapisy na kurs   NGS w badaniach regulacji genów

    Więcej
  • ideas4biology.com               Analiza danych biologicznych

    Więcej
  • ideas4biology.com                Kursy bioinformatyczne

    Więcej
  • ideas4biology.com                Biologiczne bazy danych

    Więcej


Bioconductor: wprowadzenie do analizy danych z zakresu genomiki

Kurs odbędzie się w dniach 21-22 stycznia 2017 r. na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (ul. Umultowska 89).


Zachęcamy do rejestrowania się. Koszt uczestnictwa wynosi 700 zł.
Kurs poprowadzi dr hab. Tomasz Górecki z Wydziału Matematyki i Informatyki Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Informacje organizacyjne można znaleźć na stronie FAQ.





Jakie zagadnienia zostaną omówione i przećwiczone?
  1. Co to jest BioconductoR?
  2. Instalacja. Użyteczne zasoby internetowe.
  3. BioconductoR dla danych genomicznych:
    • Przechowywanie interwałów genomowych: GRanges i IRanges - biblioteka IRanges.
    • Sekwencje (DNA, RNA i białka) - biblioteka Biostrings.
    • Genom - biblioteka BSgenome.
    • Import danych - biblioteka rtracklayer.
    • Adnotacje. Klasa ExpressionSet.
    • Biomart - interfejs do danych biologicznych - biblioteka biomaRt.
    • oligo - pakiet do pracy z mikromacierzami Affymetrix oraz Nimblegen.
    • limma - pakiet do pracy z danymi RNA-seq.
  4. Laboratorium - podstawy BioconductoRa.
  5. Laboratorium - BioconductoR dla średnio zaawansowanych.
  6. Studium przypadku - analiza danych 450k z pomocą pakietu minfi; analiza danych RNA-seq.


Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów oraz bioinformatyków (ale nie tylko), którzy planują analizować dane genomiczne, głównie mikromacierzowe i pochodzące z sekwencjonowania nowej generacji (np. RNA-seq). Wszystkie zagadnienia są bogato ilustrowane przykładami w R. Jest to kurs praktyczny z dużym naciskiem na to, aby uczestnicy samodzielnie byli w stanie przeprowadzić odpowiednie analizy, bazując na przedstawianych solidnych podstawach teoretycznych.


Jakie będą efekty?
Po zakończeniu kursu uczestnik powinien poradzić sobie z instalacją oraz wykorzystaniem repozytorium Bioconductor do analizy danych genomicznych za pomocą środowiska R. Powinien również umieć zinterpretować uzyskane wyniki. Poza tym powinien rozumieć idee reprezentacji danych genomicznych w R.


Czy sobie poradzisz? Na pewno!
Wymagana i wskazana jest podstawowa znajomość środowiska R.