UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w kraju do odwołania wszystkie kursy prowadzone będą w formie webinariów (online).
Kursy odbywają się zazwyczaj w Poznaniu na Wydziale Biologii Uniwersytetu Adama Mickiewicza, ul. Uniwersytetu Poznańskiego 6
WYDZIAŁ BIOLOGII, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
Dogodne połączenie komunikacyjne (tramwaj, autobus) znajdziesz poprzez stronę www.jakdojade.pl (aplikacja dostępna również na telefonach z systemami Android i Windows Mobile) oraz na oficjalnej stronie Zarządu Transportu Miejskiego w Poznaniu - www.ztm.poznan.pl.
Szkolenie trwa zwykle 2-3 dni i odbywa się w godzinach od 9:00 do 17:00. Szczegółowy harmonogram szkolenia przesyłany jest do uczestników na kilka dni przed planowanym terminem kursu.
a) materiały szkoleniowe w formie papierowej i elektronicznej
b) przerwy kawowe i dwudaniowy obiad
b) możliwość uzyskania konsultacji
d) certyfikat uczestnictwa w kursie
e) dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem
Najlepiej, jeżeli płatność za kurs zostanie uregulowana najpóźniej w dniu jego rozpoczęcia. W wyjątkowych sytuacjach istnieje możliwość przedłużenia terminu płatności po uprzednim kontakcie.
Istnieje możliwość rezygnacji z udziału w szkoleniu najpóźniej na dwa tygodnie przed planowanym terminem szkolenia. Po upływie tego terminu będziemy zmuszeni obciążyć Państwa kosztami uczestnictwa w szkoleniu.
W naszej ofercie posiadamy szeroki zakres usług bioinformatycznych, takich jak analiza danych NGS, analiza oraz wyszukiwanie mikroRNA, projektowanie startertów do reakcji PCR i wiele innych. Masz pytania? Skontaktuj się z nami!
Oferujemy również usługi związane z wytwarzaniem i utrzymywaniem oprogramowania (także baz danych oraz stron internetowych). Zachęcamy do kontaktu z nami w celu poznania szczegółów!
Organizujemy kursy zarówno dla początkujących, jak i dla bardziej zaawansowanych. Tematyka obejmuje m.in. technologie sekwencjonowania nowej generacji, mikroRNA, programowanie w języku Python, bioinformatykę strukturalną jak również uczenie maszynowe dla biologów. Jesteśmy również otwarci na Państwa propozycje.
ZATRUDNIMY BIOINFORMATYKA LUB INFORMATYKA
Wymagania: znajomość relacyjnych baz danych (np. mySQL), technik webowych (w tym PHP); programowanie w języku Python w stopniu przynajmniej średnio zaawansowanym; znajomość podstaw sztucznej inteligencji; komunikatywność w języku angielskim. Mile widziane doświadczenie w pracy zespołowej.
Zatrudnienie: pełen etat przez 24 miesiące, umowa o pracę.
Organizujemy i prowadzimy kursy skierowane do osób zarówno początkujących, jak i zaawansowanych w analizach bioinformatycznych. Tematyka dotyczy różnych aspektów bioinformatyki, przede wszystkim związanych z obróbką danych pochodzących z projektów sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Oferujemy także szkolenia związane z analizą statystyczną w języku R oraz programowaniem. Nasze szkolenia pozwalają zapoznać się z obecnym stanem wiedzy w wybranej tematyce, samodzielnie przećwiczyć omawiane zagadnienia, a także lepiej zorientować się w nomenklaturze.
Obecnie w naszej ofercie znajdują się następujące kursy:
Nasze szkolenia są zazwyczaj jedno-, dwu- lub trzydniowe. Zajęcia są w dużej mierze praktyczne z elementami wykładu i odbywają się w sali komputerowej, trwają od 9.00 do 17.00 (z uwzględnieniem przerw kawowych i obiadowej). Zapewniamy uczestnikom materiały szkoleniowe, dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem, catering i certyfikat uczestnictwa.
Współorganizujemy również cykliczne wydarzenie, jakim jest Poznańska Letnia Szkoła Bioinformatyki.
Warto zaznaczyć, że jesteśmy otwarci na propozycje oraz sugestie i możemy postarać się dopasować tematykę szkoleń do Państwa potrzeb. Organizujemy także kursy wyjazdowe w Państwa jednostkach naukowo-badawczych. Zapraszamy do kontaktu!
Kontrola jakości danych i obróbka bioinformatyczna
RNA-Seq
Analiza małych RNA (sRNA)
Wykrywanie wariantów genomowych
ChIP-Seq: Pol II, modyfikacje histonów
Składanie genomów de novo i ich adnotacja
Wysyłanie danych do baz NGS (Sequence Read Archive, Gene Expression Omnibus)
Wizualizacja w przeglądarkach genomowych (IGV, JBrowse)
Zautomatyzowana adnotacja genomów prokariotycznych i eukariotycznych
Adnotacja genomów z wykorzystaniem danych RNA-Seq
Identyfikacja niekodujących RNA: długie niekodujące RNA (lncRNA), mikroRNA i inne ncRNA
Identyfikacja elementów powtarzalnych
Wizualizacja w przeglądarkach genomowych (IGV, JBrowse)
Budowanie internetowych baz danych
Obróbka danych wielkoskalowych
Przeszukiwanie baz danych sekwencji
Analiza danych biologicznych w języku Python
Analiza danych w Bioconductorze (język R)
Konstruowanie potoków analitycznych
Projektowanie starterów do reakcji PCR
A nawet więcej: skontaktuj się z nami!
Ten kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych ChIP-seq oraz ChIPexo, czyli wysokoprzepustowymi metodami badania interakcji białek z DNA. Kurs pozwala na zapoznanie się z najważniejszymi krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami.
1. Wprowadzenie do systemu Linux.
2. Bazy danych.
3. Detekcja miejsc występowania wiązań Białko-DNA z wykorzystaniem ChIP-Seq.
4. Wyszukiwanie motywów sekwencji w miejscach wiązania białek z DNA.
5. Wizualizacja danych (IGV).
6. Analiza stanu chromatyny: modyfikacje histonów.
7. Zwiększenie dokładności detekcji miejsc występowania wiązań Białko-DNA przy pomocy techniki ChIP-exo.
8.Projekt - efektywna praca z plikami w formatach powszechnie używanych w pracy z danymi ChIP-Seq
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć, jak analizować dane ChIP-Seq pod kątem konkretnych pytań biologicznych. Kurs jest dostosowany do osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o podstawowych źródłach danych ChIP-Seq oraz ChIP-exo i formatach danych wykorzystywanych powszechnie w trakcie analiz. Uczestnicy powinni umieć samodzielnie wykonać analizę polegającą na wykrywaniu miejsc interakcji DNA i białek, w tym czynników transkrypcyjnych i histonów, a także potrafić wyszukiwać motywy charakterystyczne dla tychże stref wiązania. Zwrócimy szczególną uwagę na wizualizację danych w przeglądarce genomowej, interpretację wyników i radzenie sobie z problemami często spotykanymi podczas analizy tego rodzaju danych.
Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
Uczestnicy kursu grafiki wektorowej nabędą umiejętności tworzenia profesjonalnych ilustracji do publikacji, książek lub prac dyplomowych z wykorzystaniem darmowego programu Inkscape. Szkolenie koncentruje się na aspektach praktycznych oraz na zaznajomieniu uczestników z prostymi i sprawdzonymi metodami rozwiązywania problemów przy tworzeniu danej grafiki. Ćwiczenia zwieńczone są zadaniem polegającym na odtworzeniu fragmentu ilustracji z renomowanego czasopisma naukowego.
1. Tworzenie krzywych Beziera, edycja punktów, praca z liniami pomocniczymi.
2. Tworzenie obiektów, grupowanie obiektów, przekształcenia (obrót, zmiana wymiarów).
3. Suma obiektów, ich różnica i część wspólna.
4. Wyrównywanie obiektów względem siebie.
5. Ustawianie koloru wypełnienia i konturu, edycja stylu konturu, tworzenie strzałek.
6. Tworzenie gradientów kolorów.
7. Praca z warstwami.
8. Wstawianie i edycja tekstu, umieszczanie tekstu na krzywej.
9. Ustawianie obiektów w wiersze i kolumny.
10. Zapisywanie plików w formacie .png.
11. Przygotowywanie pliku do wydruku.
Ten kurs skierowany jest do osób piszących pracę doktorską, magisterską lub licencjacką oraz osób tworzących schematy i ilustracje do książek i publikacji. Nabyte umiejętności można z powodzeniem wykorzystać w innych programach do tworzenia grafiki wektorowej.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do stworzenia profesjonalnej ilustracji do publikacji lub pracy dyplomowej.
Znajomość programów graficznych nie jest wymagana.
Warunkiem uczestnictwa jest posiadanie własnego komputera (laptopa) - preferowany system operacyjny Windows. Zapewniamy materiały szkoleniowe.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Prowadzący: dr Tomasz Woźniak (Instytut Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu)
Polski
Szkolenie stanowi intensywne wprowadzenie do analizy danych NGS w kontekście badań nad zmiennością genomów. Pozwoli posiąść wiedzę i umiejętności niezbędne do samodzielnej analizy danych DNA-Seq, wliczając kontrolę jakości danych, mapowanie odczytów do sekwencji genomu i wykrywanie wariantów genomowych (dziedzicznych i somatycznych, krótkich i strukturalnych), wraz z ich filtrowaniem, funkcjonalną adnotacją i wizualizacją w przeglądarkach genomowych.
1. Bazy danych sekwencji genomów i genetycznej zmienności człowieka.
2. Sekwencjonowanie genomów: przegląd popularnych metod i źródeł danych.
3. Kontrola jakości danych NGS.
4. Wykrywanie wariantów genomowych z danych WGS (ang. Whole Genome Sequencing), czyli na podstawie wyników sekwencjonowania całego genomu.
5. Identyfikacja wariantów strukturalnych z danych WGS.
6. Wykrywanie wariantów genomowych z wykorzystaniem celowanego sekwencjonowania fragmentów genomu (ang. targeted sequencing).
7. Wykrywanie wariantów somatycznych różnicujących tkanki zdrowe i nowotworowe.
8. Adnotacja funkcjonalna wariantów genomowych.
9. Porównywanie wykrytych wariantów z wariantami zdeponowanymi w bazach danych (np. ClinVar, dbSNP).
10. Wizualizacja wyników w przeglądarce genomowej.
Kurs skierowany jest do każdego, kto chciałby się nauczyć jak analizować dane pochodzące z re-sekwencjonowania genomów i jak interpretować otrzymane wyniki. Przygotowany jest pod kątem osób prowadzących badania w medycynie, genetyce, biotechnologii, biologii molekularnej, ale może być przydatny dla każdego zainteresowanego biologią człowieka lub bioinformatyką.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych DNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej i identyfikacje wariantów genomowych, wliczając warianty dziedziczne (ang. germline variants) i somatyczne, krótkie (np. SNP) i strukturalne, takie jak CNV (ang. Copy Number Variants). Uczestnicy posiądą również wiedzę o metodach analizy uzyskanych wariantów, wliczając ich funkcjonalną adnotację, jak na przykład wpływ na potencjał kodujący genów czy wpływ na splicing pre-mRNA. Część szkolenia będzie również poświęcona wizualizacji i interpretacji otrzymanych wyników.
Doświadczenie programistyczne ani wiedza na temat analizy danych NGS nie są wymagane od uczestników szkolenia. Wskazane jest posiadanie podstawowej wiedzy z zakresu biologii molekularnej.
Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
Ten kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych smallRNA-Seq, czyli wysokoprzepustowego sekwencjonowania transkryptomów małych RNA. Pozwala on na zapoznanie się z najważniejszymi krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami. W trakcie kursu poruszone zostaną takie zagadnienia, jak kontrola jakości danych, identyfikacji mikroRNA u roślin i zwierząt, analiza ekspresji różnicowej wraz z badaniem ścieżek molekularnych będących pod kontrolą zadanego zestawu mikroRNA czy identyfikacja izomirów i sekwencji docelowych z danych Degradome-Seq.
1. Krótkie wprowadzenie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania transkryptomów.
2. Bazy danych mikroRNA i innych małych RNA.
3. Kontrola jakości danych.
4. Identyfikacja mikroRNA i innych małych RNA
5. Analiza ekspresji różnicowej.
6. Wytypowanie ścieżek molekularnych i terminów GO, w których występuje nadreprezentacja genów będących pod kontrolą zadanego zestawu mikroRNA (np. miRNA wykazujących ekspresję różnicową).
7. Identyfikacja izomirów i badanie zjawiska edytowania mikroRNA.
8. Identyfikacja sekwencji docelowych dla mikroRNA, m.in. z wykorzystaniem danych Degradome-Seq.
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć, jak analizować dane smallRNA-Seq pod kątem konkretnych pytań biologicznych. Kurs jest dostosowany do osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych smallRNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej, przeprowadzić identyfikację nowych mikroRNA i wykonać analizę ekspresji różnicowej, włącznie z interpretacją otrzymanych wyników. Uczestnicy zdobędą również wiedzę i umiejętności dotyczące innych aspektów analizy danych smallRNA-Seq i będą w stanie wykorzystać poznane potoki analityczne we własnych projektach. Zwrócimy również uwagę na wizualizację danych, tworzenie wykresów, interpretację wyników i radzenie sobie z problemami często spotykanymi podczas analizy tego rodzaju danych.
Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Wprowadzenie
Opowiemy Państwu do czego wykorzystywane są startery w biologii molekularnej.
2. Zasady projektowania starterów
Przedstawimy niezbędne kryteria i parametry jakie muszą spełniać startery. Wyjaśnimy, dlaczego ważne jest sprawdzenie potencjalnych oddziaływań pomiędzy sekwencjami.
3. Przydatne programy oraz narzędzia i różnice między nimi
Zaprezentujemy dostępne programy i narzędzia umożliwiające zaprojektowanie i ocenę jakości starterów.
4. Projektowanie manualne oraz z wykorzystaniem dostępnych narzędzi
Nauczymy Państwa jak zaprojektować startery na konkretnych przykładach, w taki sposób, aby praca w laboratorium była dla Państwa łatwiejsza i bardziej efektywna.
5. Analiza produktów PCR
Pokażemy od czego zacząć analizę produktów i przykładowe schematy postępowania z uzyskanymi danymi po reakcji sekwencjonowania metodą Sangera. Przećwiczymy to na wybranych przykładach. Omówimy najczęściej spotykane problemy związane z niedoskonałością metody PCR.
Kurs przeznaczony jest dla biologów, biotechnologów, bioinformatyków, którzy chcieliby uzyskać umiejętności projektowania dobrych i skutecznych starterów oraz jakościowej oceny uzyskanych produktów PCR.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni potrafić zaprojektować dobre startery do reakcji typu PCR z wykorzystaniem dostępnych narzedzi bioinformatycznych. Dodatkowo będą w stanie przeanalizować i ocenić uzyskane produkty reakcji po sekwencjonowaniu.
Wymagana jest podstawowa wiedza biologiczna. Od uczestników szkolenia nie jest wymagana umiejętność programowania.
Warunkiem uczestnictwa jest posiadanie własnego komputera (laptopa) - preferowany system operacyjny Windows. Zapewniamy materiały szkoleniowe.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Wprowadzenie do programowania
W trakcie kursu poznamy podstawy przetwarzania danych i dowiemy się o co tak naprawdę chodzi w programowaniu.
2. Składnia i Struktury Danych języka
W trakcie kursu zapoznamy się bliżej ze składnią i strukturami danych języka Python. Napiszemy pierwsze funkcje i skrypty Python.
3. Matplotlib
Poznamy proste, lecz efektywne sposoby wizualizacji danych przy pomocy biblioteki Matplotlib.
Ten wprowadzający kurs skierowany jest dla każdego, kto chce zrozumieć podstawy programowania. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób chcących poprawić swoje umiejętności z zakresu analizy i wizualizacji danych. Dwudniową alternatywą dla niniejszego kursu jest szkolenie Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do tworzenia prostych skryptów w języku programowania Python i przeprowdzenia analizy danych wraz z ich wizualizacją.
Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Zapewniamy dostęp do komputerów z własnym oprogramowaniem
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
5-6.03.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
2-3.07.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
Ten kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych RNA-Seq. Pozwala on na zapoznanie się z najważniejszemi krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami.
W trakcie kursu poruszone zostaną zagadnienia kontroli jakości danych, składania transkryptomu ab initio oraz de novo, szacowania ekspresji genów i analizy różnicowej.
1. Krótkie wprowadznie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptomów.
2. Kontrola jakości danych.
3. Mapowanie odczytów, obliczanie poziomu ekspresji genów i tranksryptów.
4. Analiza ekspresji różnicowej wraz z tworzeniem wykresów diagnostycznych.
5. Składanie transkryptomu de novo (niezależne od genomu).
6. Składanie transkryptomu ab initio (z mapowaniem odczytów do genomu).
7. Adnotacja transkryptomów
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć jak radzić sobie z zestawami wielkoskalowych danych RNA-Seq i poszerzać wiedzę o istotych biologicznych aspektach tego zagadnienia. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych RNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej, ocenę wartości ekspresji genów/trankskryptów i wykonać analizę ekspresji różnicowej włącznie z interpretacją otrzymanych wyników. Uczestnicy posiądą również wiedzę o metodach składania transkryptomów i będą w stanie wykorzystać poznane potoki analityczne we własnych projektach. Duża uwaga zwrócona będzie na wizualizację danych, tworzenie wykresów, interpretację wyników i radzenie sobie z często spotykanymi problemami podczas analizy.
Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej, to znaczy rozumieli pojęcia splicing, izoformy, transkryptom, ekspresja genów itp.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
5-6.03.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
2-3.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
2-3.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
Uczestnicy szkolenia poznają podstawowe koncepcje obecne w języku programowania Python wraz z dostępnymi dla języka pakietami do wizualizacji i analizy danych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób planujących rozwinąć swoje umiejętności badawcze i chcących tworzyć spersonalizowane skrypty pozwalające na przełamywanie trudności stawianych przez badane problemy biologiczne. W celu zdobycia tych umiejętności zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń praktycznych w języku Python. Python jest językiem wyjątkowo prostym w nauce. Sprawdź to sam/a!
1. Wprowadzenie do Programowania
Podczas kursu wprowadzimy cię w podstawy przetwarzania danych i nauczymy o co tak na prawdę chodzi w programowaniu
2. Składnia i Struktury Danych języka
W trakcie kursu zapoznamy się bliżej ze składnią i strukturami danych języka Python. Stworzysz swoje pierwsze funkcje i skrypty Python.
3. Biopython - Biblioteka Python dla Bioinformatyków
Poznamy najpopularniejszy, darmowy zestaw narzędzi Python dla biologii molekularnej i obliczeniowej.
4. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce chce zrozumieć podstawy programowania. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób chcących poprawić swoje umiejętności z zakresu analizy i wizualizacji danych.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do tworzenia prostych skryptów w języku programowania Python i przeprowdzenia analizy danych wraz z ich wizualizacją.
Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
2-3.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
09-10.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
1. Wstęp do programowania w języku Python
Przypomnienie podstawowej składni języka Python oraz najpopularniejszych typów i struktur danych.
2. Biopython
W trakcie kursu pokażemy jak wykorzystywać bibliotekę Biopython do parsowania plików zawierających dane biologiczne, pracy z sekwencjami, przyrównaniami sekwencji, itp.
3. Pandas
Poznamy bibliotekę Pandas, która pozwala na efektywną pracę z dużymi zbiorami danych.
4. NumPy
Poznamy podstawową bibliotekę pozwalającą na pracę z wielowymiarowymi tablicami oraz macierzami.
5. Projekty
Każdy uczestnik kursu wykona samodzielnie lub przy niewielkiej pomocy prowadzącego kilka praktycznych zadań, mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i przećwiczenie zdobytych umiejętności.
Powyższy kurs skierowany jest do każdego, kto zna podstawy programowania w języku Python lub ukończył kurs Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python.
Zalecana jest umiejętność programowania na poziomie podstawowym.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
09-10.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
7-8.05.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
Uczestnicy szkolenia uzyskają wiedzę na temat praktycznych aspektów analizy danych molekularnych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób pracujących na co dzień z dużymi zestawami danych i danymi genomowymi. W trakcie kursu zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń ułatwiających pozyskanie umiejętności praktycznych z zakresu analizy danych molekularnych.
1.
Źródła i formaty danych genomowych.
W trakcie szkolenia zapoznamy się z istniejącymi biologicznymi bazami danych i popularnymi formatami plików używanymi w biologii molekularnej.
2.
Pobieranie i spersonalizowane filtrowanie danych.
Będziemy zbierać dane dokładnie dopasowane pod kątem przeprowadzanych eksperymentów.
3. Linux
Zaznajomimy się z systemem operacyjnym LINUX, co pozwoli nam na obróbkę wielkoskalowych zestawów danych bez konieczności programowania własnych rozwiązań.
4. Praca z wielkoskalowymi zestawami danych.
Nauczymy się, jak radzić sobie z big data.
5. Poszukiwanie lokalnych dopasowań.
Zapoznamy się z narzędziami zaprojektowanymi do poszukiwania lokalnych dopasowań sekwencji.
6. Wizualizacja danych genomowych.
Nauczymy się, jak wykonać wizualizację dużych zestawów danych genomowych.
7. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chcę nabyć praktyczne umiejętności analizy danych molekularnych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób pracujących na co dzień z dużymi zestawami danych i danymi genomowymi.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do pobrania, analizy i wizualizacji wielkoskalowych danych molekularnych na potrzeby własnego projektu.
Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
7-8.05.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
Uczestnicy szkolenia zostaną wprowadzeni w tajniki użytkowania systemu Linux, potężnego środowiska dla analiz bioinformatycznych, takich jak m.in. analiza danych NGS. Pokażemy w jaki sposób używać systemu oraz linii poleceń. Nauczymy korzystać z najczęściej używanych poleceń systemowych, które pozwalają w szybki i efektywny sposób pracować na danych biologicznych. By ułatwić pracę na wielkoskalowych danych oraz automatyzację analiz, wprowadzimy uczestników w podstawy tworzenia skryptów w BASH'u oraz AWK. Poznamy proste sposoby na instalację oprogramowania i jego wykorzystanie.
1. Wprowadzenie do systemu Linux
Zaprzyjaźnimy się z systemem operacyjnym LINUX, co pozwoli nam na obróbkę wielkoskalowych zestawów danych bez konieczności programowania własnych rozwiązań.
2. Instalacja oprogramowania oraz praca zdalna
Nauczymy się instalować oprogramowanie w systemie LINUX oraz pracować zdalnie na serwerach, wykorzystując także komputery z systemem Windows.
3. Wyrażenia regularne
Poznamy wzorce służace do opisuywania łańcuchów znaków, ułatwiające pracę z wielkoskalowymi danymi o charakterze tekstowym.
4. AWK
Zaznajomimy się z prostym językiem programowania AWK, który pozwala na modyfikowanie, filtrowanie oraz przetwarzanie plików tekstowych.
5. BASH
Poznamy sposoby na automatyzację analiz przy pomocy skryptów tworzonych w powłoce systemu Linux.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do samodzielnego używania systemu Linux w codziennej pracy na potrzeby realizacji własnych projektów.
Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
To szkolenie stanowi instruktaż wykorzystania siecowych technologii bazodanowych, w tym HTML, PHP i mySQL. Uczestnicy kursu stworzą własną bazę online zawierającą opcje wyszukiwania, edycji i przesyłania danych na serwer.
Dodatkowo, w celu utrwalenia uzyskanych umiejętności zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń praktycznych.
1. HTML i CSS
Podstawy projektowania stron internetowych, HTML i CSS. Budowa naszej pierwszej strony internetowej.
2. mySQL i PHP
Budowa i wysyłanie zapytań do relacyjnej bazy danych mySQL.
Tworzenie skryptów PHP; komunikacja między serwerem mySQL i użytkownikiem poprzez interfejs przeglądarki internetowej.
3. Funkcjonalna baza danych
Korzystając ze zdobytej już wiedzy zbudowana zostanie funkcjonalna baza danych online umożliwiająca wyszukiwanie danych, przeglądanie zawartości i edycję.
Zostaną przetestowane liczne modyfikacje i rozszerzenia bazy danych, włączając w to sugestie i pomysły uczestników szkolenia.
4. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób chcących nabyć umiejętność budowy biologicznych baz danych i stron internetowych w sposób szybki i efektywny.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni posiadać wiedzę o podstawach budowy stron internetowych i projektowania baz danych a także być w stanie stworzyć własną aplikację internetową.
Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
19.02.2022Koszt: 650zł + 23% VAT*
25.06.2022Koszt: 650zł + 23% VAT*
Uczestnicy szkolenia poznają istniejące źródła danych NGS, formaty danych, sposoby manipulacji tymi danymi (analiza jakości, wycinanie adapterów etc.) oraz mapowania ich do genomu przy zastosowaniu różnych narzędzi i w różnych scenariuszach reprezentujących najpopularniejsze podejścia w biologii.
Ten kurs skierowany jest do osób, które chcą rozpocząć pracę nad własną analizą zestawów danych NGS.
1. Wprowadzenie do NGS - gdzie i w jaki sposób przechowywane są dane: bazy danych i formaty danych NGS.
2. Krótkie wprowadzenie do systemu operacyjnego Linux
3. Kontrola jakości i przetwarzanie danych NGS (FastQC, FASTX Toolkit, Trimmomatic).
4. Mapowanie odczytów - Pospolity krok w niemal wszystkich zastosowaniach danych NGS. Mapowanie krótkich odczytów będzie wykonane na przykładzie danych pochodzących z technologii DNA-Seq (Bowtie, BWA) i RNA-Seq (Tophat, STAR). Zestaw ćwiczeń zademonstruje wykorzystanie różnych narzędzi i strategii - ich zalety oraz wady.
5. Obróbka wyników mapowania oraz wykorzystanie ich w konkretnej aplikacji bioinformatycznej (składanie transkryptomu,wykrywanie nowych genów i form splicingowych)
6. Możliwość dyskusji na tematy związane z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób chcących zrozumieć podstawy manipulacji uzyskanymi danymi i analizy danych NGS. Oferta skierowana jest szczególnie do osób, które planują rozpocząć swój włany projekt NGS.
Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być w stanie wykonać przeszukiwanie publiczych baz danych NGS, manipulować odczytami NGS (wycinanie adapterów etc.), ocenić odczyty pod kątem jakości i zmapować odczyty do genomu lub transkryptomu. Te kroki postępowania można odnaleźć niemal we wszystkich aplikacjach NGS. Szczególna uwaga zwrócona będzie na interpretację uzyskanych wyników i prezentację rozwiązań często pojawiająch się problemów.
Doświadczenie programistyczne i wcześniej zdobyta wiedza o sekwencjonowaniu NGS nie są wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Zaleca się, aby uczestnicy szkolenia znali podstawowe pojęcia z dziedziny biologii molekularnej, takie jak definicja transkryptu czy splicingu.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
19.02.2022Koszt: 650zł + 23% VAT*
25.06.2022Koszt: 650zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
W zakres szkolenia wchodzi analiza danych pochodzących z licznych aplikacji NGS, takich jak smallRNA-Seq, ChIP-Seq i CLIP-Seq. Wykorzystanie przez uczestników w trakcie szkolenia znacznej liczby gotowych do użycia potoków analitycznych powinno skutecznie przygotować ich do prowadzenia samodzielnych analiz.
1.
Detekcja miejsc występowania wiązań Białko-DNA z wykorzystaniem ChIP-Seq
2.
Motywy sekwencji i loga motywów (HOMER)
3. Wizualizacja danych (IGV)
4. Analiza stanu chromatyny: modyfikacje histonów (ChIP-Seq), regiony otwarte chromatyny (DNase-Seq)
5.
Analiza metylacji DNA pochodząca z danych RRBS-Seq
6.
Interakcje RNA-białko (CLIP-Seq, RIP-Seq)
8.
Identyfikacja microRNA u roślin i zwierząt (ShortStack, miRDeep2)
9. Poszukiwanie sekwencji docelowych dla microRNA (in silico, Degradome-Seq)
10. Reprezentatywne bazy danych
Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób, których celem jest poznanie sposobów analizy danych NGS i uzyskanie wyników o znaczeniu biologicznym. Zakres szkolenia jest dopasowany do osób pracujących w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni rozumieć metody działania licznych aplikacji NGS i być w stanie zaprojektować własne badania przy wykorzystaniu poznanych metod. Powinni być również w stanie wykonać standardowe analizy danych i zinterpretować otrzymane wyniki.
Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Wcześniej zdobyta wiedza o analizie danych NGS nie ma kluczowego znaczenia dla przyswojenia treści prezentowanych podczas szkolenia. Znajomość podstaw obsługi systemu operacyjnego LINUX oraz mapowania do genomów i transkryptomów jest zalecana, jednak nie stanowi wymogu udziału w szkoleniu.
W pakiecie z innym kursem odbywającym się w ten sam weekend oferujemy 10% zniżki na tańszy kurs.
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Wprowadzenie do języka R (instalacja, biblioteki, R studio, import
danych do R)
2. Pierwsza sesja w R: gdzie szukać pomocy, operatory, arytmetyka, wektory,
indeksowanie wektorów, macierze, ramki danych
3. Proste pętle i funkcje
4. Statystyki opisowe wraz z wizualizacją danych (średnia arytmetyczna,
geometryczna, ucięta, harmoniczna, mediana, moda, odchylenie standardowe, błąd standardowy, rozstęp, rozstęp międzykwartylowy, różne typy wykresów: rozrzutu,
histogramy, pudełkowe, skrzypcowe itp.
5. Klasyczna statystyka testowa (testy normalności, jednorodności wariacji,
testy parametryczne i nieparametryczne, analiza wariancji)
6. Korelacja i regresja: regresja liniowa, nieliniowa, funkcje sklejane
7. Analiza składowych głównych (PCA)
8. Uogólnione modele liniowe, modele addytywne, drzewa regresyjne.
Kurs jest przeznaczony dla biologów środowiskowych, którzy zainteresowani są analizą danych w R, a jednocześnie nie posiadają umiejętności programowania. Z tego względu podczas kursu jego uczestnicy zapoznają się z podstawami języka programowania, możliwościami analitycznymi w obrębie klasycznej statystki testowej, metodami wizualizacji wyników oraz z podstawami modelowania. Szczególny nacisk zostanie położny na stronę techniczną, czyli pogłębianie znajomości R, przy czym cały aspekt matematyczny zostanie ograniczony do niezbędnego minimum. Zapewniamy materiały szkoleniowe oraz komputery z oprogramowaniem.
Po odbyciu kursu, jego uczestnik będzie posiadał niezbędne umiejętności do samodzielnego poszerzania wiedzy o bardziej zaawansowane techniki z wykorzystaniem R. Ponadto, powinien potrafić dostosować metodę̨ analityczną do swoich danych i potrzeb, napisać odpowiedni skrypt w R i zinterpretować otrzymane wyniki.
Jedynymi koniecznymi wymogami, które musi spełniać każdy kursant, to chęć poszerzania wiedzy i poczucie humoru :)
Prowadzący: dr hab. Jakub Kosicki (Zakład Biologii i Ekologii Ptaków Wydział Biologii Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Wprowadzenie do języka R
2. Podstawy wizualizacji danych: wykresy rozrzutu, wykresy pudełkowe oraz skrzypcowe, histogram
3. Statystyki opisowe: średnie, mediana, dominanta, wariancja, odchylenie standardowe, błąd standardow
4. Testy statystyczne - wprowadzenie
5. Założenia w testach parametrycznych: normalnosść, homoskedastycznosść
wariancji
6. Porównywanie średnich w dwóch populacjach
7. Analiza wariancji. Porównania wielokrotne (post-hoc)
8. Testy zgodności
9. Współczynnik korelacji Pearsona i Spearmana
10. Analiza składowych głównych (PCA)
11. Regresja prosta. Regresja wielokrotna. Regresja logistyczna
Kurs jest przeznaczony dla biologów, którzy chcą poprawnie analizować i wizualizować swoje dane. Z tego względu kurs skupia się na wyborze i dopasowaniu właściwych metod do danych, a nie na aspektach matematycznych metod statystycznych. Szczególny nacisk położony jest na interpretację uzyskanych wyników. Oczywiście w ramach kursu nie jest możliwe omówienie wszystkich metod statystycznych stosowanych przez biologów, kurs skupia się na tych najpopularniejszych. Wszystkie zagadnienia są bogato ilustrowane przykładami w R.
Po zakończeniu kursu kursant powinien potrafić wybrać właściwą metodę statystyczną i zastosować ją do danych biologicznych z wykorzystaniem języka R. Powinien również umieś zinterpretować uzyskane wyniki. Ponadto powinien rozpoznać sytuacje, które nie były omawiane w ramach kursu i zadać odpowiednie pytania podczas konsultacji statystycznych.
Przewidujemy wprowadzenie aby każdy uczestnik, nawet zupełnie początkujący mógł sobie bez problemu poradzić z zaplanowanymi zadaniami. Podstawowa znajomość języka R jest mile widziana ale nie jest niezbędna.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Potrwa trzy dni, a każdego dnia przewidzianych jest 5 godzin zegarowych zajęć, np. od 9:00 do 14:00. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
1. Wprowadzenie do analizy RNA-seq w R i Bioconductor
2. Ocena jakości i wstępne przetwarzanie danych
3. Mapowanie do genomu referencyjnego i zliczanie odczytów
4. Analiza ekspresji różnicowej
5. Anotacja rezultatów
6. GO i KEGG
7. Wizualizacja wyników
8. Studium przypadków
Ten kurs przeznaczony jest przede wszystkim dla osób, które chcą z pomocą jednego narzędzia, jakim jest pakiet R, nauczyć się radzić sobie z szeregiem analiz związanych z danymi otrzymanymi z wysokoprzepustowych technologii sekwencjonowania nowej generacji. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni umieć obsługiwać program RStudio, instalować i korzystać z wybranych pakietów R i Bioconductor. Uczestnicy powinni być takze w stanie samodzielnie wykonać analizę danych RNA-Seq zaczynając od oceny jakości sekwencjonowania, poprzez mapowanie do genomu referencyjnego, kończąc na analizie różnicowej łącznie z analizą funkcji biologicznych z wykorzystaniem GO i KEGG.
Wymagana jest bardzo podstawowa znajomość środowiska R - niezwykle pomocny byłby udział w szkoleniu Analiza i wizualizacja danych biologicznych w języku R: statystyka, ale można też nauczyć się niezbędnych podstaw we własnym zakresie - w razie wątpliwości, zapytaj nas o szczegóły.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Potrwa dwa dni, a każdego dnia przewidzianych jest 5 godzin zegarowych zajęć, np. od 9:00 do 14:00. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
1. Wstęp do języka Python: od zmiennych do obsługi tekstu i plików. Zapoznanie ze środowiskiem IPython Notbeook
2. Wstęp do bibliotek przydatnych w przetwarzaniu danych. Szybkie operacje matematyczne (numpy), wizualizacja (matplotlib), czytelna i łatwa w obsłudze reprezentacja danych (pandas)
3. Wstęp do najważniejszych pojęć uczenia maszynowego: co to znaczy uczyć się? Gdzie można stosować uczenie maszynowe? Podstawowe definicje praktyczne
4. Przedstawione zostaną najpopularniejsze metody, pozwalające nauczyć maszynę przewidywania nieznanych wartości: czy komórka o danej charakterystyce jest komórką rakową? Jaka forma zalesienia jest najbardziej prawdopodobna na terenie, dla którego mamy tylko dane kartograficzne? Czy na podstawie próbki nagrania głosowego jesteśmy w stanie zdiagnozować chorobę Parkinsona?
5. Na początku przedstawione zostaną metody przygotowania danych
6. Następnie omówione zostaną metody użycia własnej wiedzy dziedzinowej w celu lepszego wykorzystania Uczenia Maszynowego
7. Każda z pokazanych metod zostanie zaprezentowana na zabawkowym, niewielkim zbiorze danych
8. Pokazane zostaną silne i słabe strony każdego algorytmu
9. Pokazane zostaną parametry danego algorytmu, oraz metody ich dobioru
10. Pokazane zostanie przygotowanie danych, jakiego oczekuje każdy algorytm
11. Pokazane zostanie zastosowanie danej metody na prawdziwym zbiorze danych medycznych lub biologicznych
12. Odkyrwanie struktury w nieopisanych danych - automatyczne znajdowanie zgrupowań (klastrowanie)
13. Wizualizacja zbiorów danych - Jak pokazać na płaskiej planszy zbiór danych, w którym każdy obiekt opisany jest kilkuset cechami? (Dimensionality Reduction)
14. Nowoczene narzędzia uczenia maszynowego - XGBoost i Uczenie Głębokie
15. Najlepsze Praktyki dotyczące przeprowadzania eksperymentów uczenia maszynowego - dobieranie parametrów modelu, ocena skuteczności, zarządzanie eksperymentami
Kurs skierowany jest dla przedstawicieli każdej branży, którzy chcą poznać podstawy niezwykle popularnych ostatnio technik nauczania maszynowego.
Po ukończeniu kursu, uczestnik powinien znać podstawy języka Python, w tym wykonywać operacje matematyczne i wizualizację danych. Ponadto, uczestnik przyswoi podstawy nauczania maszynowego i powinien zdobyć umiejętności, które pozwolą wykorzystać techniki nauczania maszynowego w pracy naukowej.
Kurs przygotowany jest tak, aby każdy, nawet najbardziej początkujący uczestnik, mógł sobie bez problemu poradzić z wykonaniem wszystkich zadań, jednak wskazana jest znajomość podstaw programowania w dowolnym języku.
Koszt uczestnictwa w szkoleniu wynosi 1000zł. Prowadzący: Marcin Elantkowski (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Strukturalne bazy danych, wyszukiwanie informacji w bazach, formaty plików z zapisem struktury
2. Wizualizacja struktury 3D, proste skrypty w PyMOLu
3. Predykcja struktury trzeciorzędowej białek i RNA
4. Walidacja i ewaluacja przewidzianych modeli struktury 3D
5. Predykcja i anotacja struktury drugorzędowej RNA
6. Wizualizacja struktury drugorzędowej RNA oraz motywy strukturalne
Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów bioinformatyków oraz przedstawicieli branży medycznej i farmaceutycznej którzy chcą poszerzyć więdzę i zdobyć nowe umiejętności z zakresu biologii strukturalnej.
Wymagana jest podstawowa wiedza biologiczna. Nie jest konieczna umiejętność programowania, choć niewielkie doświadczenie w tym zakresie z pewnością może ułatwić ćwiczenia.
Prowadzący: prof. dr hab. Marta Szachniuk (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska; Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Chemii Bioorganicznej, Polska Akademia Nauk) oraz mgr Tomasz Żok (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
Uczestnicy szkolenia zapoznają się z najlepszymi aktualnie wykorzystywanymi metodami pozwalającymi modelować i analizować cząsteczki RNA na poziomie struktury II- i III-rzędowej. Oferta adresowana jest w szczególności do osób chcących zapoznać się z komputerowymi metodami dedykowanymi strukturom RNA oraz rozwinąć swoje umiejętności analizy in silico. Drogą do zdobycia tych umiejętności będzie szereg ćwiczeń praktycznych realizowanych z wykorzystaniem wybranych, ogólnodostępnych programów obliczeniowych.
1. Wizualizacja struktury. W trakcie kursu uczestnik zapozna się z różnymi graficznymi modelami II- i III-rzędowej struktury RNA, pozna program PyMOL oraz nauczy się tworzyć proste skrypty w języku tego programu pozwalające na wizualizację wybranych elementów struktury, tworzenie różnych modeli tej samej cząsteczki, przyrównywanie struktur, etc.
2. Walidacja modelu. W ramach tego modułu objaśnione zostaną podstawowe parametry struktury, które analizowane są podczas oceny poprawności struktury. Uczestnik samodzielnie przetestuje prezentowane aplikacje i dokona oceny poprawności wybranych struktur RNA.
3. Przewidywanie struktury II- i III-rzędowej. Uczestnik kursu pozna podstawowe podejścia stosowane w modelowaniu struktury RNA in silico, nauczy się posługiwać wybranymi darmowymi programami do przewidywania II- i III-rzędowej struktury RNA oraz dowie się jakie są ich ograniczenia, wady i zalety. Prowadzący kurs przedstawią metody modelowania struktury z więzami oraz prostej edycji struktury. Dodatkowym elementem będzie zapoznanie się z narzędziem obliczeniowym do modelowania sekwencji.
4. Porównywanie struktur i ocena jakości. Kurs wprowadzi uczestników w tematykę porównywania struktur, oceny ich podobieństwa, wyszukiwania różnic oraz fragmentów podobnych. Uczestnicy poznają wybrane miary oceny jakości przewidzianego modelu RNA na poziomie struktury II- i III-rzędowej, m.in. te wykorzystywane w międzynarodowym konkursie RNA-Puzzles. Ćwiczenia praktyczne pozwolną na dokonanie samodzielnej oceny jakości wybranych modeli RNA oraz na stworzenie rankingu w zbiorze modeli.
5. Adnotowanie struktury. Przedmiotem jednego z modułów kursu będzie adnotowanie struktury II-rzędowej na podstawie danych strukturalnych zapisanych w formacie PDB oraz PDBx/mmCIF. Uczestnicy poznają szczegóły procesu adnotowania struktury, klasyfikacji oddziaływań oraz wpływ wybranych parametrów struktury na jej topologię. Ćwiczenia praktyczne pokażą jak zastosować istniejące programy do adnotowania struktury RNA oraz jak interpretować uzyskane wyniki.
6. Formaty zapisu danych strukturalnych. Uczestnik kursu pozna powszechnie wykorzystywane formaty plików, w których zapisywane są informacje o II- i III-rzędowej strukturze RNA oraz aplikacje pozwalające na konwersję między różnymi formatami.
Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów bioinformatyków oraz przedstawicieli branży medycznej i farmaceutycznej którzy chcą poszerzyć więdzę i zdobyć nowe umiejętności z zakresu modelowania i analizy struktury cząsteczek RNA metodami komputerowymi.
Podstawowa wiedza biologiczna znacznie ułatwi przyswojenie i zrozumienie materiału przedstawianego na kursie. Nie jest konieczna umiejętność programowania ani wiedza specjalistyczna z zakresu biologii strukturalnej.
Prowadzący: dr hab. Marta Szachniuk (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska; Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Chemii Bioorganicznej, Polska Akademia Nauk) oraz dr inż. Maciej Antczak (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
1. Wprowadzenie do programowania obiektowego
Zapoznamy się z koncepcją klas i obiektów. Nauczymy się jak wykorzystywać podejście obiektowe do rozwiązywania rzeczywistych problemów.
2. Biopython
W trakcie kursu pokażemy jak wykorzystywać bibliotekę Biopython do parsowania plików zawierających dane biologiczne, pracy z sekwencjami, przyrównaniami sekwencji, programem BLAST oraz pracy z bazami danych (Entrez).
3. Pandas
Poznamy bibliotekę Pandas, która pozwala na efektywną pracę z dużymi zbiorami danych.
4. NumPy
Poznamy podstawową bibliotekę pozwalającą na pracę z wielowymiarowymi tablicami oraz macierzami.
5. Projekty
Każdy uczestnik kursu wykona samodzielnie lub przy niewielkiej pomocy prowadzącego kilka praktycznych zadań, mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i przećwiczenie zdobytych umiejętności.
Powyższy kurs skierowany jest do każdego, kto zna podstawy programowania w języku Python lub ukończył kurs Python. Wprowadzenie lub Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python.
Zalecana jest umiejętność programowania na poziomie podstawowym.
Zapewniamy dostęp do komputerów z własnym oprogramowaniem
Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
11-12.06.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
1. Wprowadzenie do analizy danych z sekwencjonowania 16S rRNA oraz podobnych amplikonów wykorzystywanych do profilowania składu taksonomicznego
2. Wprowadzenie do sekwencjonowania metagenomów metodami typu "shotgun"
3. Konfiguracja środowiska pracy i instalacja oprogramowania
4. Usuwanie zanieczyszczeń i kontrola jakości
5. Składanie metagenomów de novo
6. Badanie jakości złożenia
7. Profilowanie składu taksonomicznego
8. Klastrowanie kontigów należących do tych samych taksonów
9. Ocena kompletności złożenia metagenomów
10. Wizualizacja danych
11. Profilowanie liczebności taksonów w próbie
12. Adnotacja funkcjonalna
Powyższy kurs skierowany jest do każdego zainteresowanego analizą danych metagenomicznych oraz badaniem mikrobiomu.
Zalecane jest posiadanie podstawowej wiedzy z zakresu biologii molekularnej.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
11-12.06.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
09-10.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się z poszczególnymi etapami analizy filogenetycznej, zaczynając od pozyskania danych, poprzez zbudowanie, ocenę oraz interpretację drzewa filogenetycznego, aż po wizualizację wyników. Uczestnicy szkolenia uzyskają wiedzę z zakresu praktycznych aspektów analizy filogenetycznej, a w trakcie kursu zostaną zrealizowane ćwiczenia pozwalające utrwalić nabyte umiejętności.
1. Wprowadzenie do analizy filogenetycznej (wybór markera, przyrównanie sekwencji, przeszukiwanie baz danych, wybór modelu substytucji nukleotydowej).
2. Stosowane formaty danych i narzędzia używane w analizach filogenetycznych.
3. Wybór algorytmów do budowy drzew filogenetycznych (UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, wnioskowanie bayesowskie).
4. Ocena wiarygodności i interpretacja otrzymanych wyników.
5. Wizualizacja wyników.
6. Zastosowanie sieci filogenetycznych w analizie blisko spokrewnionych taksonów.
Kurs pozwoli na usystematyzowanie oraz pogłębienie wiedzy z filogenetyki, a także pomoże w zaplanowaniu własnych analiz. Szkolenie skierowane jest zarówno do osób zamierzających prowadzić badania w oparciu o sekwencje DNA, jak również zainteresowanych klasycznymi analizami kladystycznymi.
Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać podstawową wiedzę i umiejętności z zakresu filogenetyki, jak dobór metody analizy odpowiedniej do posiadanych danych, interpretacja drzew filogenetycznych czy korzystanie z tematycznych baz danych. Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do samodzielnego przyrównania sekwencji DNA i wykonania serii kroków prowadzących od danych wejściowych do zwizualizowania wynikowego drzewa filogenetycznego.
Kurs skierowany jest do każdego zainteresowanego analizą filogenetyczną, a doświadczenie w jego tematyce nie jest wymagane by wziąć udział.
Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do Internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.
Polski
09-10.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT*
*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia
Jesteśmy współorganizatorem XII edycji Poznańskiej Letniej Szkoły Bioinformatyki. W tym roku Wydział Biologii UAM gościł w Poznaniu 40 uczestników i 12 wykładowców z różnych krajów. Temat przewodni pięciodniowego szkolenia brzmiał "NGS w badaniach medycznych", a poruszone zostały takie zagadnienia, jak wykrywanie wariantów genomowych, identyfikacja genów wykazujących różnicową ekspresję czy praktyczny wstęp do technologii Nanopore.
Więcej informacji
Jesteśmy członkiem konsorcjum MOBIT, realizującego projekt z prestiżowego programu STRATEGMED ogłoszonego przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Celem projektu jest stworzenie nowatorskiego modelu diagnostyki personalizowanej guzów nowotworowych w oparciu o innowacyjny system biobankowania materiału biologicznego oraz wielkoskalowe analizy omiczne pacjentów z najczęstszymi nowotworami złośliwymi.
Bierzemy udział w projekcie ImPRESS pt. "Międzynarodowe, interdyscyplinarne studia doktoranckie w zakresie biologii medycznej oraz biostatystyki. Szkolenia w zakresie badań opartych na technologiach wielkoskalowych i biostatystyce oraz wsparcie kariery młodych naukowców poprzez mobilność międzynarodową i międzysektorową". Projekt finansowany w ramach Akcji Marii Skłodowskiej-Curie Programu Ramowego Horyzont 2020.
"Od ponad roku mam przyjemność uczestniczyć w kursach prowadzonych przez ideas4biology Sp. z o.o. Już pierwszy z nich (dotyczący analizy danych NGS) przekonał mnie, że jest to miejsce, do którego warto wracać.Przekazywane informacje są aktualne, prowadzący kompetentni, kursy umożliwiają zrozumienie skomplikowanych zagadnień bioinformatycznych,zajęcia mają charakter praktyczny, a wykorzystywane i polecane oprogramowanie jest darmowe. ideas4biology Sp. z o.o. prowadzi kursy bioinformatyczne, związane z analizą danych biologicznych, umożliwiające biologom (i nie tylko) zdobycie umiejętności posługiwania się oprogramowaniem, które trudno nazwać „przyjaznym użytkownikowi”, jak również samodzielnego programowania. Kursy, oprócz świetnej strony merytorycznej, są doskonale zorganizowane. Cena obejmuje materiały i posiłki, a dwudaniowe obiady serwowane są także w wersji wegetariańskiej.
Do tej pory wzięłam udział w 7 kursach zorganizowanych przez ideas4biology Sp. z o.o. i każdy z nich poszerzył moja wiedzę i umiejętności, które wykorzystuję codziennie w pracy zawodowej.
Gorąco polecam!!!"
"Miałam przyjemność uczestniczyć w Letniej Szkole Bioinformatyki, szkoleniu i konsultacjach naukowych, organizowanych przez ideas4biology. Wszystko przygotowane było na bardzo wysokim poziomie merytorycznym, prowadzone w miłej atmosferze z możliwością nieograniczonego zadawania pytań. Na żadnym innym kursie/szkoleniu tyle się nie nauczyłam. Szczególnie zadowolona byłam z konsultacji naukowych. Dotyczyły one analizy danych z NGS, a ja nie miałam żadnego doświadczenia bioinformatycznego. Pan Michał Kabza przygotował dla mnie znakomite materiały, przewidując odpowiedzi na większość pytań, które chciałam zadać (nie sądziłam, że coś takiego jest możliwe). Po konsultacjach sama wykonuję analizy i dokładnie wiem co i dlaczego robię. Piątka dla Ideas i podwójne pięć dla Pana Michała. Tak trzymać, bo obecnie naprawdę brakuje dobrych szkoleń!"
"Wysoko oceniam poziom przeprowadzonych niedawno dwudniowych warsztatów z programowania dla biologów, w których miałam okazję wziąć udział. Bardzo odpowiadał mi zakres prezentowanych wiadomości oraz praktyczny charakter szkolenia. Jako że tempo kursu było dość intensywne, a materiał obszerny, przydałoby się może więcej czasu na nabycie swobody w operowaniu poznanymi funkcjami i schematami. Mimo to zastosowana na szkoleniu konwencja zadań z udostępnionymi i szczegółowo omawianymi przykładami rozwiązań, wydaje mi się bardzo dobrze przemyślana i skuteczna. Z pewnością może służyć jako wygodny punkt startu do samodzielnej kontynuacji nauki, bez stresującego poczucia "nowości" całego środowiska Python, a przecież o to chodzi. Kurs dokładnie odpowiadał opisowi i spełniał moje oczekiwania, również pod względem prowadzenia i organizacji. Dziękuję Państwu."
"Do tej pory uczestniczyłam w dwóch kursach bioinformatycznych, zorganizowanych przez ideas4biology i szczerze polecam każdy rodzaj współpracy z tym niesamowitym zespołem. Wcześniej miałam okazję być na różnych szkoleniach, kursach czy warsztatach, ale te wspominam najlepiej ze wszystkich. Bardzo dobrze zaplanowane pod każdym względem: merytorycznym, jak i organizacyjnym. Mimo napiętego programu, prowadzący zawsze znaleźli czas na dodatkowe wyjaśnienia, a swoją pasją i zaangażowaniem zarażali innych uczestników. Firma ideas4biology to grupa przesympatycznych osób związanych ze środowiskiem akademickim, z dużym doświadczeniem praktycznym (mimo młodego wieku) oraz bogatą wiedzą z zakresu bioinformatyki i biotechnologii. Obecnie mam przyjemność współpracować z Zespołem w ramach konsultacji i to właśnie dzięki Ich pomocy jestem w stanie dokończyć moje badania w ramach pracy doktorskiej. Z pełną świadomością mogę powiedzieć, że w Polsce mamy niewielu ekspertów bioinformatyki, jednak z pewnością należą do nich osoby tworzące Zespół ideas4biology."
"Z całą stanowczością POLECAM wszystkim kursy prowadzone przez Ideas For Biology! Szkolenia z zakresu bioinformatyki prowadzone są przez młody, ale już doświadczony zespół praktyków, co podnosi znacząco ich użyteczność. Ciekawa forma prezentacji przystępna tak dla zaawansowanego bioinformatyka, jak i kompletnego laika w tej dyscyplinie oraz bardzo dużo przykładów praktycznych do samodzielnego rozwiązania w ramach części warsztatowej szkoleń - to tylko niektóre z zalet szkoleń, w których miałem przyjemność uczestniczyć. Nie bez znaczenia jest również fakt znakomitej relacji jakości do ceny szkoleń. Biorąc pod uwagę wszystkie składowe zachęcam wszystkich do skorzystania z usług szkoleniowych firmy Ideas For Biology - na pewno będziecie Państwo zadowoleni!"
"Serdecznie dziękuję Państwu za zorganizowanie i przeprowadzenie kursu bioinformatycznego dotyczącego technik sekwencjonowania wysokoprzepustowego pt. "Bioinformatyczne podstawy sekwencjonowanianowych generacji". Kurs, w którym miałem ogromną przyjemność uczestniczyć odbył się 4 lipca 2014 r. na naszym Wydziale. Wszystkie treści i zagadnienia związane z technologiami NGS oraz analizą danych, zarówno teoretyczne, jak również praktyczne zostały przekazane niezwykle przejrzyście. Młody zespół bioinformatyków i biologów molekularnych, który bezpośrednio kierował całym kursem okazał się bardzo pomocny. Udział w całym kursie sprawił, że postanowiłem poprawić stosowną transkryptomiczną aplikację grantową, tak, aby tym razem zdobyć finansowanie. Bardzo wysoko oceniam "bezpośredni" aspekt organizacyjny kursu, wliczając w to czas poświęcony przerwom, dyskusji i nawiązaniu nowych kontaktów z innymi uczestnikami kursu. Uważam, że Państwa czas włożony we właściwe przygotowanie i przeprowadzenie tej wspaniałej inicjatywy dydaktycznej był bardzo duży. Z całym przekonaniem poleciłbym ją osobom, które dotychczas w niej nie uczestniczyły. Sugerowałbym nawet rozważenie propozycji organizacji c.d. kursu z bardziej rozbudowaną częścią praktyczną. Z przyjemnością zauważyłem, że poglądowość i prostota przedstawionych idei sprawiała, że kurs "docierał" zarówno do pracowników naukowo-dydaktycznych, jak również studentów-doktorantów i osób niezwiązanych dotychczas z NGS."