Projektowanie starterów do reakcji typu PCR

Tematyka

1. Wprowadzenie
Opowiemy Państwu do czego wykorzystywane są startery w biologii molekularnej.

2. Zasady projektowania starterów
Przedstawimy niezbędne kryteria i parametry jakie muszą spełniać startery. Wyjaśnimy, dlaczego ważne jest sprawdzenie potencjalnych oddziaływań pomiędzy sekwencjami.

3. Przydatne programy oraz narzędzia i różnice między nimi
Zaprezentujemy dostępne programy i narzędzia umożliwiające zaprojektowanie i ocenę jakości starterów.

4. Projektowanie manualne oraz z wykorzystaniem dostępnych narzędzi
Nauczymy Państwa jak zaprojektować startery na konkretnych przykładach, w taki sposób, aby praca w laboratorium była dla Państwa łatwiejsza i bardziej efektywna.

5. Analiza produktów PCR
Pokażemy od czego zacząć analizę produktów i przykładowe schematy postępowania z uzyskanymi danymi po reakcji sekwencjonowania metodą Sangera. Przećwiczymy to na wybranych przykładach. Omówimy najczęściej spotykane problemy związane z niedoskonałością metody PCR.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs przeznaczony jest dla biologów, biotechnologów, bioinformatyków, którzy chcieliby uzyskać umiejętności projektowania dobrych i skutecznych starterów oraz jakościowej oceny uzyskanych produktów PCR.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni potrafić zaprojektować dobre startery do reakcji typu PCR z wykorzystaniem dostępnych narzedzi bioinformatycznych. Dodatkowo będą w stanie przeanalizować i ocenić uzyskane produkty reakcji po sekwencjonowaniu.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Wymagana jest podstawowa wiedza biologiczna. Od uczestników szkolenia nie jest wymagana umiejętność programowania.

Informacje Organizacyjne

Warunkiem uczestnictwa jest posiadanie własnego komputera (laptopa) - preferowany system operacyjny Windows. Zapewniamy materiały szkoleniowe.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Python. Wprowadzenie

Tematyka

1. Wprowadzenie do programowania
W trakcie kursu poznamy podstawy przetwarzania danych i dowiemy się o co tak naprawdę chodzi w programowaniu.

2. Składnia i Struktury Danych języka
W trakcie kursu zapoznamy się bliżej ze składnią i strukturami danych języka Python. Napiszemy pierwsze funkcje i skrypty Python.

3. Matplotlib
Poznamy proste, lecz efektywne sposoby wizualizacji danych przy pomocy biblioteki Matplotlib.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest dla każdego, kto chce zrozumieć podstawy programowania. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób chcących poprawić swoje umiejętności z zakresu analizy i wizualizacji danych. Dwudniową alternatywą dla niniejszego kursu jest szkolenie Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do tworzenia prostych skryptów w języku programowania Python i przeprowdzenia analizy danych wraz z ich wizualizacją.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.

Informacje Organizacyjne

Zapewniamy dostęp do komputerów z własnym oprogramowaniem

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Wprowadzenie do Analizy Danych RNA-Seq

5-6.03.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

2-3.07.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Ten kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych RNA-Seq. Pozwala on na zapoznanie się z najważniejszemi krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami. W trakcie kursu poruszone zostaną zagadnienia kontroli jakości danych, składania transkryptomu ab initio oraz de novo, szacowania ekspresji genów i analizy różnicowej.

Tematyka

1. Krótkie wprowadznie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptomów.
2. Kontrola jakości danych.
3. Mapowanie odczytów, obliczanie poziomu ekspresji genów i tranksryptów.
4. Analiza ekspresji różnicowej wraz z tworzeniem wykresów diagnostycznych.
5. Składanie transkryptomu de novo (niezależne od genomu).
6. Składanie transkryptomu ab initio (z mapowaniem odczytów do genomu).
7. Adnotacja transkryptomów

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć jak radzić sobie z zestawami wielkoskalowych danych RNA-Seq i poszerzać wiedzę o istotych biologicznych aspektach tego zagadnienia. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych RNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej, ocenę wartości ekspresji genów/trankskryptów i wykonać analizę ekspresji różnicowej włącznie z interpretacją otrzymanych wyników. Uczestnicy posiądą również wiedzę o metodach składania transkryptomów i będą w stanie wykorzystać poznane potoki analityczne we własnych projektach. Duża uwaga zwrócona będzie na wizualizację danych, tworzenie wykresów, interpretację wyników i radzenie sobie z często spotykanymi problemami podczas analizy.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej, to znaczy rozumieli pojęcia splicing, izoformy, transkryptom, ekspresja genów itp.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

5-6.03.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

2-3.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python

2-3.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Uczestnicy szkolenia poznają podstawowe koncepcje obecne w języku programowania Python wraz z dostępnymi dla języka pakietami do wizualizacji i analizy danych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób planujących rozwinąć swoje umiejętności badawcze i chcących tworzyć spersonalizowane skrypty pozwalające na przełamywanie trudności stawianych przez badane problemy biologiczne. W celu zdobycia tych umiejętności zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń praktycznych w języku Python. Python jest językiem wyjątkowo prostym w nauce. Sprawdź to sam/a!

Tematyka

1. Wprowadzenie do Programowania
Podczas kursu wprowadzimy cię w podstawy przetwarzania danych i nauczymy o co tak na prawdę chodzi w programowaniu
2. Składnia i Struktury Danych języka
W trakcie kursu zapoznamy się bliżej ze składnią i strukturami danych języka Python. Stworzysz swoje pierwsze funkcje i skrypty Python.
3. Biopython - Biblioteka Python dla Bioinformatyków
Poznamy najpopularniejszy, darmowy zestaw narzędzi Python dla biologii molekularnej i obliczeniowej.
4. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce chce zrozumieć podstawy programowania. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób chcących poprawić swoje umiejętności z zakresu analizy i wizualizacji danych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do tworzenia prostych skryptów w języku programowania Python i przeprowdzenia analizy danych wraz z ich wizualizacją.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

2-3.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Python dla biologów: część II

09-10.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Tematyka

1. Wstęp do programowania w języku Python
Przypomnienie podstawowej składni języka Python oraz najpopularniejszych typów i struktur danych.

2. Biopython
W trakcie kursu pokażemy jak wykorzystywać bibliotekę Biopython do parsowania plików zawierających dane biologiczne, pracy z sekwencjami, przyrównaniami sekwencji, itp.

3. Pandas
Poznamy bibliotekę Pandas, która pozwala na efektywną pracę z dużymi zbiorami danych.

4. NumPy
Poznamy podstawową bibliotekę pozwalającą na pracę z wielowymiarowymi tablicami oraz macierzami.

5. Projekty
Każdy uczestnik kursu wykona samodzielnie lub przy niewielkiej pomocy prowadzącego kilka praktycznych zadań, mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i przećwiczenie zdobytych umiejętności.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Powyższy kurs skierowany jest do każdego, kto zna podstawy programowania w języku Python lub ukończył kurs Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Zalecana jest umiejętność programowania na poziomie podstawowym.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

09-10.07.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Zrób to Sam! Praktyczne Aspekty Analizy Danych Molekularnych

7-8.05.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Uczestnicy szkolenia uzyskają wiedzę na temat praktycznych aspektów analizy danych molekularnych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób pracujących na co dzień z dużymi zestawami danych i danymi genomowymi. W trakcie kursu zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń ułatwiających pozyskanie umiejętności praktycznych z zakresu analizy danych molekularnych.

Tematyka

1. Źródła i formaty danych genomowych.
W trakcie szkolenia zapoznamy się z istniejącymi biologicznymi bazami danych i popularnymi formatami plików używanymi w biologii molekularnej.
2. Pobieranie i spersonalizowane filtrowanie danych.
Będziemy zbierać dane dokładnie dopasowane pod kątem przeprowadzanych eksperymentów.
3. Linux
Zaznajomimy się z systemem operacyjnym LINUX, co pozwoli nam na obróbkę wielkoskalowych zestawów danych bez konieczności programowania własnych rozwiązań.
4. Praca z wielkoskalowymi zestawami danych.
Nauczymy się, jak radzić sobie z big data.
5. Poszukiwanie lokalnych dopasowań.
Zapoznamy się z narzędziami zaprojektowanymi do poszukiwania lokalnych dopasowań sekwencji.
6. Wizualizacja danych genomowych.
Nauczymy się, jak wykonać wizualizację dużych zestawów danych genomowych.
7. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chcę nabyć praktyczne umiejętności analizy danych molekularnych. Oferta powinna być szczególnie intersująca dla osób pracujących na co dzień z dużymi zestawami danych i danymi genomowymi.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do pobrania, analizy i wizualizacji wielkoskalowych danych molekularnych na potrzeby własnego projektu.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

7-8.05.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Wprowadzenie do systemu Linux dla biologów

Uczestnicy szkolenia zostaną wprowadzeni w tajniki użytkowania systemu Linux, potężnego środowiska dla analiz bioinformatycznych, takich jak m.in. analiza danych NGS. Pokażemy w jaki sposób używać systemu oraz linii poleceń. Nauczymy korzystać z najczęściej używanych poleceń systemowych, które pozwalają w szybki i efektywny sposób pracować na danych biologicznych. By ułatwić pracę na wielkoskalowych danych oraz automatyzację analiz, wprowadzimy uczestników w podstawy tworzenia skryptów w BASH'u oraz AWK. Poznamy proste sposoby na instalację oprogramowania i jego wykorzystanie.

Tematyka

1. Wprowadzenie do systemu Linux
Zaprzyjaźnimy się z systemem operacyjnym LINUX, co pozwoli nam na obróbkę wielkoskalowych zestawów danych bez konieczności programowania własnych rozwiązań.

2. Instalacja oprogramowania oraz praca zdalna
Nauczymy się instalować oprogramowanie w systemie LINUX oraz pracować zdalnie na serwerach, wykorzystując także komputery z systemem Windows.

3. Wyrażenia regularne
Poznamy wzorce służace do opisuywania łańcuchów znaków, ułatwiające pracę z wielkoskalowymi danymi o charakterze tekstowym.

4. AWK
Zaznajomimy się z prostym językiem programowania AWK, który pozwala na modyfikowanie, filtrowanie oraz przetwarzanie plików tekstowych.

5. BASH
Poznamy sposoby na automatyzację analiz przy pomocy skryptów tworzonych w powłoce systemu Linux.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do samodzielnego używania systemu Linux w codziennej pracy na potrzeby realizacji własnych projektów.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.

Informacje Organizacyjne

Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Tworzenie Biologicznych Baz Danych i Stron Internetowych

To szkolenie stanowi instruktaż wykorzystania siecowych technologii bazodanowych, w tym HTML, PHP i mySQL. Uczestnicy kursu stworzą własną bazę online zawierającą opcje wyszukiwania, edycji i przesyłania danych na serwer. Dodatkowo, w celu utrwalenia uzyskanych umiejętności zrealizowany zostanie szereg ćwiczeń praktycznych.

Tematyka

1. HTML i CSS
Podstawy projektowania stron internetowych, HTML i CSS. Budowa naszej pierwszej strony internetowej.
2. mySQL i PHP
Budowa i wysyłanie zapytań do relacyjnej bazy danych mySQL. Tworzenie skryptów PHP; komunikacja między serwerem mySQL i użytkownikiem poprzez interfejs przeglądarki internetowej.
3. Funkcjonalna baza danych
Korzystając ze zdobytej już wiedzy zbudowana zostanie funkcjonalna baza danych online umożliwiająca wyszukiwanie danych, przeglądanie zawartości i edycję. Zostaną przetestowane liczne modyfikacje i rozszerzenia bazy danych, włączając w to sugestie i pomysły uczestników szkolenia.
4. Projekty
Dodatkowo wykonamy kilka niewielkich projektów i zadań mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i umiejętności praktycznych.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób chcących nabyć umiejętność budowy biologicznych baz danych i stron internetowych w sposób szybki i efektywny.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni posiadać wiedzę o podstawach budowy stron internetowych i projektowania baz danych a także być w stanie stworzyć własną aplikację internetową.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Umiejętność programowania nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu.
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Wprowadzenie do Obróbki i Analizy danych NGS

19.02.2022Koszt: 650zł + 23% VAT^*

25.06.2022Koszt: 650zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Uczestnicy szkolenia poznają istniejące źródła danych NGS, formaty danych, sposoby manipulacji tymi danymi (analiza jakości, wycinanie adapterów etc.) oraz mapowania ich do genomu przy zastosowaniu różnych narzędzi i w różnych scenariuszach reprezentujących najpopularniejsze podejścia w biologii. Ten kurs skierowany jest do osób, które chcą rozpocząć pracę nad własną analizą zestawów danych NGS.

Tematyka

1. Wprowadzenie do NGS - gdzie i w jaki sposób przechowywane są dane: bazy danych i formaty danych NGS.

2. Krótkie wprowadzenie do systemu operacyjnego Linux

3. Kontrola jakości i przetwarzanie danych NGS (FastQC, FASTX Toolkit, Trimmomatic).

4. Mapowanie odczytów - Pospolity krok w niemal wszystkich zastosowaniach danych NGS. Mapowanie krótkich odczytów będzie wykonane na przykładzie danych pochodzących z technologii DNA-Seq (Bowtie, BWA) i RNA-Seq (Tophat, STAR). Zestaw ćwiczeń zademonstruje wykorzystanie różnych narzędzi i strategii - ich zalety oraz wady.

5. Obróbka wyników mapowania oraz wykorzystanie ich w konkretnej aplikacji bioinformatycznej (składanie transkryptomu,wykrywanie nowych genów i form splicingowych)

6. Możliwość dyskusji na tematy związane z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób chcących zrozumieć podstawy manipulacji uzyskanymi danymi i analizy danych NGS. Oferta skierowana jest szczególnie do osób, które planują rozpocząć swój włany projekt NGS.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być w stanie wykonać przeszukiwanie publiczych baz danych NGS, manipulować odczytami NGS (wycinanie adapterów etc.), ocenić odczyty pod kątem jakości i zmapować odczyty do genomu lub transkryptomu. Te kroki postępowania można odnaleźć niemal we wszystkich aplikacjach NGS. Szczególna uwaga zwrócona będzie na interpretację uzyskanych wyników i prezentację rozwiązań często pojawiająch się problemów.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne i wcześniej zdobyta wiedza o sekwencjonowaniu NGS nie są wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Zaleca się, aby uczestnicy szkolenia znali podstawowe pojęcia z dziedziny biologii molekularnej, takie jak definicja transkryptu czy splicingu.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

19.02.2022Koszt: 650zł + 23% VAT^*

25.06.2022Koszt: 650zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

NGS w Badaniach Regulacji Genów

W zakres szkolenia wchodzi analiza danych pochodzących z licznych aplikacji NGS, takich jak smallRNA-Seq, ChIP-Seq i CLIP-Seq. Wykorzystanie przez uczestników w trakcie szkolenia znacznej liczby gotowych do użycia potoków analitycznych powinno skutecznie przygotować ich do prowadzenia samodzielnych analiz.

Tematyka

1. Detekcja miejsc występowania wiązań Białko-DNA z wykorzystaniem ChIP-Seq
2. Motywy sekwencji i loga motywów (HOMER)
3. Wizualizacja danych (IGV)
4. Analiza stanu chromatyny: modyfikacje histonów (ChIP-Seq), regiony otwarte chromatyny (DNase-Seq)
5. Analiza metylacji DNA pochodząca z danych RRBS-Seq
6. Interakcje RNA-białko (CLIP-Seq, RIP-Seq)
8. Identyfikacja microRNA u roślin i zwierząt (ShortStack, miRDeep2)
9. Poszukiwanie sekwencji docelowych dla microRNA (in silico, Degradome-Seq)
10. Reprezentatywne bazy danych

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób, których celem jest poznanie sposobów analizy danych NGS i uzyskanie wyników o znaczeniu biologicznym. Zakres szkolenia jest dopasowany do osób pracujących w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni rozumieć metody działania licznych aplikacji NGS i być w stanie zaprojektować własne badania przy wykorzystaniu poznanych metod. Powinni być również w stanie wykonać standardowe analizy danych i zinterpretować otrzymane wyniki.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Wcześniej zdobyta wiedza o analizie danych NGS nie ma kluczowego znaczenia dla przyswojenia treści prezentowanych podczas szkolenia. Znajomość podstaw obsługi systemu operacyjnego LINUX oraz mapowania do genomów i transkryptomów jest zalecana, jednak nie stanowi wymogu udziału w szkoleniu.

Informacje Organizacyjne

W pakiecie z innym kursem odbywającym się w ten sam weekend oferujemy 10% zniżki na tańszy kurs.
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Analiza Danych Biologicznych
w Języku R: Badania Środowiskowe

Tematyka

1. Wprowadzenie do języka R (instalacja, biblioteki, R studio, import
danych do R)
2. Pierwsza sesja w R: gdzie szukać pomocy, operatory, arytmetyka, wektory,
indeksowanie wektorów, macierze, ramki danych
3. Proste pętle i funkcje
4. Statystyki opisowe wraz z wizualizacją danych (średnia arytmetyczna,
 geometryczna, ucięta, harmoniczna, mediana, moda, odchylenie standardowe, błąd standardowy, rozstęp, rozstęp międzykwartylowy, różne typy wykresów: rozrzutu,
histogramy, pudełkowe, skrzypcowe itp.
5. Klasyczna statystyka testowa (testy normalności, jednorodności wariacji,
 testy parametryczne i nieparametryczne, analiza wariancji)
6. Korelacja i regresja: regresja liniowa, nieliniowa, funkcje sklejane
7. Analiza składowych głównych (PCA)
8. Uogólnione modele liniowe, modele addytywne, drzewa regresyjne.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs jest przeznaczony dla biologów środowiskowych, którzy zainteresowani są
 analizą danych w R, a jednocześnie nie posiadają umiejętności
 programowania. Z tego względu podczas kursu jego uczestnicy zapoznają się z
 podstawami języka programowania, możliwościami analitycznymi w obrębie
 klasycznej statystki testowej, metodami wizualizacji wyników oraz z podstawami
 modelowania. Szczególny nacisk zostanie położny na stronę techniczną, czyli
 pogłębianie znajomości R, przy czym cały aspekt matematyczny zostanie
 ograniczony do niezbędnego minimum. Zapewniamy materiały szkoleniowe oraz
 komputery z oprogramowaniem.

Oczekiwane Efekty

Po odbyciu kursu, jego uczestnik będzie posiadał niezbędne umiejętności do
 samodzielnego poszerzania wiedzy o bardziej zaawansowane techniki z
wykorzystaniem R. Ponadto, powinien potrafić dostosować metodę̨ analityczną
do swoich danych i potrzeb, napisać odpowiedni skrypt w R i zinterpretować
 otrzymane wyniki.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Jedynymi koniecznymi wymogami, które musi spełniać każdy kursant, to chęć
 poszerzania wiedzy i poczucie humoru :)

Informacje Organizacyjne

Prowadzący: dr hab. Jakub Kosicki (Zakład Biologii i Ekologii Ptaków Wydział Biologii Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Analiza i wizualizacja danych biologicznych w języku R: statystyka

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Tematyka

1. Wprowadzenie do języka R
2. Podstawy wizualizacji danych: wykresy rozrzutu, wykresy pudełkowe oraz skrzypcowe, histogram
3. Statystyki opisowe: średnie, mediana, dominanta, wariancja, odchylenie standardowe, błąd standardow
4. Testy statystyczne - wprowadzenie
5. Założenia w testach parametrycznych: normalnosść, homoskedastycznosść wariancji
6. Porównywanie średnich w dwóch populacjach
7. Analiza wariancji. Porównania wielokrotne (post-hoc)
8. Testy zgodności
9. Współczynnik korelacji Pearsona i Spearmana
10. Analiza składowych głównych (PCA)
11. Regresja prosta. Regresja wielokrotna. Regresja logistyczna

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs jest przeznaczony dla biologów, którzy chcą poprawnie analizować i wizualizować swoje dane. Z tego względu kurs skupia się na wyborze i dopasowaniu właściwych metod do danych, a nie na aspektach matematycznych metod statystycznych. Szczególny nacisk położony jest na interpretację uzyskanych wyników. Oczywiście w ramach kursu nie jest możliwe omówienie wszystkich metod statystycznych stosowanych przez biologów, kurs skupia się na tych najpopularniejszych. Wszystkie zagadnienia są bogato ilustrowane przykładami w R.

Oczekiwane Efekty

Po zakończeniu kursu kursant powinien potrafić wybrać właściwą metodę statystyczną i zastosować ją do danych biologicznych z wykorzystaniem języka R. Powinien również umieś zinterpretować uzyskane wyniki. Ponadto powinien rozpoznać sytuacje, które nie były omawiane w ramach kursu i zadać odpowiednie pytania podczas konsultacji statystycznych.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Przewidujemy wprowadzenie aby każdy uczestnik, nawet zupełnie początkujący mógł sobie bez problemu poradzić z zaplanowanymi zadaniami. Podstawowa znajomość języka R jest mile widziana ale nie jest niezbędna.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Potrwa trzy dni, a każdego dnia przewidzianych jest 5 godzin zegarowych zajęć, np. od 9:00 do 14:00. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Analiza Danych RNA-Seq
w R

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Tematyka

1. Wprowadzenie do analizy RNA-seq w R i Bioconductor
2. Ocena jakości i wstępne przetwarzanie danych
3. Mapowanie do genomu referencyjnego i zliczanie odczytów
4. Analiza ekspresji różnicowej
5. Anotacja rezultatów
6. GO i KEGG
7. Wizualizacja wyników
8. Studium przypadków

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten kurs przeznaczony jest przede wszystkim dla osób, które chcą z pomocą jednego narzędzia, jakim jest pakiet R, nauczyć się radzić sobie z szeregiem analiz związanych z danymi otrzymanymi z wysokoprzepustowych technologii sekwencjonowania nowej generacji. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni umieć obsługiwać program RStudio, instalować i korzystać z wybranych pakietów R i Bioconductor. Uczestnicy powinni być takze w stanie samodzielnie wykonać analizę danych RNA-Seq zaczynając od oceny jakości sekwencjonowania, poprzez mapowanie do genomu referencyjnego, kończąc na analizie różnicowej łącznie z analizą funkcji biologicznych z wykorzystaniem GO i KEGG.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Wymagana jest bardzo podstawowa znajomość środowiska R - niezwykle pomocny byłby udział w szkoleniu Analiza i wizualizacja danych biologicznych w języku R: statystyka, ale można też nauczyć się niezbędnych podstaw we własnym zakresie - w razie wątpliwości, zapytaj nas o szczegóły.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Potrwa dwa dni, a każdego dnia przewidzianych jest 5 godzin zegarowych zajęć, np. od 9:00 do 14:00. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Wprowadzenie do Uczenia Maszynowego

Tematyka

1. Wstęp do języka Python: od zmiennych do obsługi tekstu i plików. Zapoznanie ze środowiskiem IPython Notbeook
2. Wstęp do bibliotek przydatnych w przetwarzaniu danych. Szybkie operacje matematyczne (numpy), wizualizacja (matplotlib), czytelna i łatwa w obsłudze reprezentacja danych (pandas)
3. Wstęp do najważniejszych pojęć uczenia maszynowego: co to znaczy uczyć się? Gdzie można stosować uczenie maszynowe? Podstawowe definicje praktyczne
4. Przedstawione zostaną najpopularniejsze metody, pozwalające nauczyć maszynę przewidywania nieznanych wartości: czy komórka o danej charakterystyce jest komórką rakową? Jaka forma zalesienia jest najbardziej prawdopodobna na terenie, dla którego mamy tylko dane kartograficzne? Czy na podstawie próbki nagrania głosowego jesteśmy w stanie zdiagnozować chorobę Parkinsona?
5. Na początku przedstawione zostaną metody przygotowania danych
6. Następnie omówione zostaną metody użycia własnej wiedzy dziedzinowej w celu lepszego wykorzystania Uczenia Maszynowego
7. Każda z pokazanych metod zostanie zaprezentowana na zabawkowym, niewielkim zbiorze danych
8. Pokazane zostaną silne i słabe strony każdego algorytmu
9. Pokazane zostaną parametry danego algorytmu, oraz metody ich dobioru
10. Pokazane zostanie przygotowanie danych, jakiego oczekuje każdy algorytm
11. Pokazane zostanie zastosowanie danej metody na prawdziwym zbiorze danych medycznych lub biologicznych
12. Odkyrwanie struktury w nieopisanych danych - automatyczne znajdowanie zgrupowań (klastrowanie)
13. Wizualizacja zbiorów danych - Jak pokazać na płaskiej planszy zbiór danych, w którym każdy obiekt opisany jest kilkuset cechami? (Dimensionality Reduction)
14. Nowoczene narzędzia uczenia maszynowego - XGBoost i Uczenie Głębokie
15. Najlepsze Praktyki dotyczące przeprowadzania eksperymentów uczenia maszynowego - dobieranie parametrów modelu, ocena skuteczności, zarządzanie eksperymentami

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs skierowany jest dla przedstawicieli każdej branży, którzy chcą poznać podstawy niezwykle popularnych ostatnio technik nauczania maszynowego.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu, uczestnik powinien znać podstawy języka Python, w tym wykonywać operacje matematyczne i wizualizację danych. Ponadto, uczestnik przyswoi podstawy nauczania maszynowego i powinien zdobyć umiejętności, które pozwolą wykorzystać techniki nauczania maszynowego w pracy naukowej.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Kurs przygotowany jest tak, aby każdy, nawet najbardziej początkujący uczestnik, mógł sobie bez problemu poradzić z wykonaniem wszystkich zadań, jednak wskazana jest znajomość podstaw programowania w dowolnym języku.

Informacje Organizacyjne

Koszt uczestnictwa w szkoleniu wynosi 1000zł. Prowadzący: Marcin Elantkowski (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)
Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Bioinformatyka Strukturalna

Tematyka

1. Strukturalne bazy danych, wyszukiwanie informacji w bazach, formaty plików z zapisem struktury
2. Wizualizacja struktury 3D, proste skrypty w PyMOLu
3. Predykcja struktury trzeciorzędowej białek i RNA
4. Walidacja i ewaluacja przewidzianych modeli struktury 3D
5. Predykcja i anotacja struktury drugorzędowej RNA
6. Wizualizacja struktury drugorzędowej RNA oraz motywy strukturalne

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów bioinformatyków oraz przedstawicieli branży medycznej i farmaceutycznej którzy chcą poszerzyć więdzę i zdobyć nowe umiejętności z zakresu biologii strukturalnej.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Wymagana jest podstawowa wiedza biologiczna. Nie jest konieczna umiejętność programowania, choć niewielkie doświadczenie w tym zakresie z pewnością może ułatwić ćwiczenia.

Informacje Organizacyjne

Prowadzący: prof. dr hab. Marta Szachniuk (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska; Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Chemii Bioorganicznej, Polska Akademia Nauk) oraz mgr Tomasz Żok (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)

Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Modelowanie Struktury RNA

Uczestnicy szkolenia zapoznają się z najlepszymi aktualnie wykorzystywanymi metodami pozwalającymi modelować i analizować cząsteczki RNA na poziomie struktury II- i III-rzędowej. Oferta adresowana jest w szczególności do osób chcących zapoznać się z komputerowymi metodami dedykowanymi strukturom RNA oraz rozwinąć swoje umiejętności analizy in silico. Drogą do zdobycia tych umiejętności będzie szereg ćwiczeń praktycznych realizowanych z wykorzystaniem wybranych, ogólnodostępnych programów obliczeniowych.

Tematyka

1. Wizualizacja struktury. W trakcie kursu uczestnik zapozna się z różnymi graficznymi modelami II- i III-rzędowej struktury RNA, pozna program PyMOL oraz nauczy się tworzyć proste skrypty w języku tego programu pozwalające na wizualizację wybranych elementów struktury, tworzenie różnych modeli tej samej cząsteczki, przyrównywanie struktur, etc.

2. Walidacja modelu. W ramach tego modułu objaśnione zostaną podstawowe parametry struktury, które analizowane są podczas oceny poprawności struktury. Uczestnik samodzielnie przetestuje prezentowane aplikacje i dokona oceny poprawności wybranych struktur RNA.

3. Przewidywanie struktury II- i III-rzędowej. Uczestnik kursu pozna podstawowe podejścia stosowane w modelowaniu struktury RNA in silico, nauczy się posługiwać wybranymi darmowymi programami do przewidywania II- i III-rzędowej struktury RNA oraz dowie się jakie są ich ograniczenia, wady i zalety. Prowadzący kurs przedstawią metody modelowania struktury z więzami oraz prostej edycji struktury. Dodatkowym elementem będzie zapoznanie się z narzędziem obliczeniowym do modelowania sekwencji.

4. Porównywanie struktur i ocena jakości. Kurs wprowadzi uczestników w tematykę porównywania struktur, oceny ich podobieństwa, wyszukiwania różnic oraz fragmentów podobnych. Uczestnicy poznają wybrane miary oceny jakości przewidzianego modelu RNA na poziomie struktury II- i III-rzędowej, m.in. te wykorzystywane w międzynarodowym konkursie RNA-Puzzles. Ćwiczenia praktyczne pozwolną na dokonanie samodzielnej oceny jakości wybranych modeli RNA oraz na stworzenie rankingu w zbiorze modeli.

5. Adnotowanie struktury. Przedmiotem jednego z modułów kursu będzie adnotowanie struktury II-rzędowej na podstawie danych strukturalnych zapisanych w formacie PDB oraz PDBx/mmCIF. Uczestnicy poznają szczegóły procesu adnotowania struktury, klasyfikacji oddziaływań oraz wpływ wybranych parametrów struktury na jej topologię. Ćwiczenia praktyczne pokażą jak zastosować istniejące programy do adnotowania struktury RNA oraz jak interpretować uzyskane wyniki.

6. Formaty zapisu danych strukturalnych. Uczestnik kursu pozna powszechnie wykorzystywane formaty plików, w których zapisywane są informacje o II- i III-rzędowej strukturze RNA oraz aplikacje pozwalające na konwersję między różnymi formatami.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs jest przeznaczony dla biologów, biotechnologów bioinformatyków oraz przedstawicieli branży medycznej i farmaceutycznej którzy chcą poszerzyć więdzę i zdobyć nowe umiejętności z zakresu modelowania i analizy struktury cząsteczek RNA metodami komputerowymi.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Podstawowa wiedza biologiczna znacznie ułatwi przyswojenie i zrozumienie materiału przedstawianego na kursie. Nie jest konieczna umiejętność programowania ani wiedza specjalistyczna z zakresu biologii strukturalnej.

Informacje Organizacyjne

Prowadzący:  dr hab. Marta Szachniuk (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska; Laboratorium Bioinformatyki, Instytut Chemii Bioorganicznej, Polska Akademia Nauk) oraz dr inż. Maciej Antczak (Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska)

Zapewniamy dostęp do komputerów z odpowiednim oprogramowaniem.

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Programowanie dla Biologów w Języku Python

Tematyka

1. Wprowadzenie do programowania obiektowego
Zapoznamy się z koncepcją klas i obiektów. Nauczymy się jak wykorzystywać podejście obiektowe do rozwiązywania rzeczywistych problemów.

2. Biopython
W trakcie kursu pokażemy jak wykorzystywać bibliotekę Biopython do parsowania plików zawierających dane biologiczne, pracy z sekwencjami, przyrównaniami sekwencji, programem BLAST oraz pracy z bazami danych (Entrez).

3. Pandas
Poznamy bibliotekę Pandas, która pozwala na efektywną pracę z dużymi zbiorami danych.

4. NumPy
Poznamy podstawową bibliotekę pozwalającą na pracę z wielowymiarowymi tablicami oraz macierzami.

5. Projekty
Każdy uczestnik kursu wykona samodzielnie lub przy niewielkiej pomocy prowadzącego kilka praktycznych zadań, mających na celu sprawdzenie uzyskanej wiedzy i przećwiczenie zdobytych umiejętności.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Powyższy kurs skierowany jest do każdego, kto zna podstawy programowania w języku Python lub ukończył kurs Python. Wprowadzenie lub Podstawy Programowania dla Biologów w Języku Python.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Zalecana jest umiejętność programowania na poziomie podstawowym.

Informacje Organizacyjne

Zapewniamy dostęp do komputerów z własnym oprogramowaniem

Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

Wprowadzenie do metagenomiki

11-12.06.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Tematyka

1. Wprowadzenie do analizy danych z sekwencjonowania 16S rRNA oraz podobnych amplikonów wykorzystywanych do profilowania składu taksonomicznego
2. Wprowadzenie do sekwencjonowania metagenomów metodami typu "shotgun"
3. Konfiguracja środowiska pracy i instalacja oprogramowania
4. Usuwanie zanieczyszczeń i kontrola jakości
5. Składanie metagenomów de novo
6. Badanie jakości złożenia
7. Profilowanie składu taksonomicznego
8. Klastrowanie kontigów należących do tych samych taksonów
9. Ocena kompletności złożenia metagenomów
10. Wizualizacja danych
11. Profilowanie liczebności taksonów w próbie
12. Adnotacja funkcjonalna

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Powyższy kurs skierowany jest do każdego zainteresowanego analizą danych metagenomicznych oraz badaniem mikrobiomu.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Zalecane jest posiadanie podstawowej wiedzy z zakresu biologii molekularnej.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

11-12.06.2022Koszt: 1000zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia

Analiza filogenetyczna

09-10.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

UWAGA! Ze względu na aktualną sytuację epidemiologiczną w Polsce kurs prowadzony w formie WEBINARIUM!

Tematyka

Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się z poszczególnymi etapami analizy filogenetycznej, zaczynając od pozyskania danych, poprzez zbudowanie, ocenę oraz interpretację drzewa filogenetycznego, aż po wizualizację wyników. Uczestnicy szkolenia uzyskają wiedzę z zakresu praktycznych aspektów analizy filogenetycznej, a w trakcie kursu zostaną zrealizowane ćwiczenia pozwalające utrwalić nabyte umiejętności.

1. Wprowadzenie do analizy filogenetycznej (wybór markera, przyrównanie sekwencji, przeszukiwanie baz danych, wybór modelu substytucji nukleotydowej).
2. Stosowane formaty danych i narzędzia używane w analizach filogenetycznych.
3. Wybór algorytmów do budowy drzew filogenetycznych (UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, wnioskowanie bayesowskie).
4. Ocena wiarygodności i interpretacja otrzymanych wyników.
5. Wizualizacja wyników.
6. Zastosowanie sieci filogenetycznych w analizie blisko spokrewnionych taksonów.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs pozwoli na usystematyzowanie oraz pogłębienie wiedzy z filogenetyki, a także pomoże w zaplanowaniu własnych analiz. Szkolenie skierowane jest zarówno do osób zamierzających prowadzić badania w oparciu o sekwencje DNA, jak również zainteresowanych klasycznymi analizami kladystycznymi.

Oczekiwane efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać podstawową wiedzę i umiejętności z zakresu filogenetyki, jak dobór metody analizy odpowiedniej do posiadanych danych, interpretacja drzew filogenetycznych czy korzystanie z tematycznych baz danych. Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do samodzielnego przyrównania sekwencji DNA i wykonania serii kroków prowadzących od danych wejściowych do zwizualizowania wynikowego drzewa filogenetycznego.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Kurs skierowany jest do każdego zainteresowanego analizą filogenetyczną, a doświadczenie w jego tematyce nie jest wymagane by wziąć udział.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w terminie wskazanym po lewej stronie przycisku "Zarejstruj się" w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do Internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.

Język

Polski

09-10.04.2022Koszt: 1000 zł + 23% VAT^*

Zwolnienie z VAT

^*W przypadku finansowania udziału w szkoleniu ze środków publicznych możliwe jest uzyskanie zwolnienia z podatku po wypełnieniu i przesłaniu odpowiedniego oświadczenia. Zeskanowane oświadczenie powinno być przesłane przed szkoleniem; oryginał może być dostarczony w dniu jego rozpoczęcia